PCR引物设计的基本原则
引物长度：15-30bp，常用为20bp左右。
引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C 过多易出现非特异条带。ATGC建议随机分布，避免5个以上的piao呤或嘧1啶核苷酸的成串排列参照。
引物内部不应出现互补序列。
两个引物之间不应存在互补序列，尤其是避免3 ′端的互补重叠。
引物与非特
高保真热启动酶
PCR引物设计的基本原则
引物长度：15-30bp，常用为20bp左右。
引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C 过多易出现非特异条带。ATGC建议随机分布，避免5个以上的piao呤或嘧1啶核苷酸的成串排列参照。
引物内部不应出现互补序列。
两个引物之间不应存在互补序列，尤其是避免3 ′端的互补重叠。
引物与非特异扩增区的序列的同源性不要超过70%，
引物3′末端连续8个碱基在待扩增区以外不能有完全互补序列，否则易导致非特异性扩增。引物3‘端的碱基，特别是zui末及倒数第二个碱基，应严格要求配对，zui佳选择是G和C。
引物的5′端可以修饰。如附加限制酶位点，引入突变位点，用生物素、荧光物质、地1高辛标记，加入其它短序列，包括起始密码子、终止密码子等。
PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致，或大或小，或者同时出现特异性扩增带 与非特异性扩增带。非特异性条带的出现，其原因：一是引物与靶序列不完全互补、或引物聚合形成二聚体。二是Mg2+离子浓度过高、退火温度过低，及PCR循环次数过多有关。其次是酶的质和量，往往一些来源的酶易出现非特异条带而另一来源的酶则不出现，酶量过多有时也会出现非特异性扩增。其对策有：必要时重新设计引 物。减低酶量或调换另一来源的酶。降低引物量，适当增加模板量，减少循环次数。适当提高退火温度或采用二温度点法（93℃变性，65℃左右退火与延伸）。
原位PCR( in situ PCR)技术
原位PCR综合了PCR和原位杂交( Insitu hybridization, ISH)的优点是一种在组织切片或细胞涂
片上原位对特定的DNA或RNA进行扩增.再用特异性的探针原位杂交检测。原位PCR标本一般需先经化学固定,以保持组织细胞的良好形态结构。细胞膜和核膜有一定的通透性,PCR扩增所需的各种成分可进入细胞内或核内。在原位对特定的DNA或RNA进行扩增。扩增产物由于分子量较大或互相交织，不易透过细胞膜向外弥散，故保留在原位。这样就很容易应用ISH将其检出,同时还可对目的DNA序列的组织细胞进行形态学分析。
普通的PCR仪
把一次PCR扩增只能运行一个特定退火温度的PCR仪，叫传统的PCR仪，也叫普通PCR仪。
它是由主机，加热模块，PCR管，热盖，控制软件组成。根据DNA部分片段高温解链，降温配对聚合原理，通过循环改变加热模块的温度，微量不易于分辨的的DNA部分片段进行扩增成大量的DNA部分片段，从而对其进行分析鉴定。根据需要可结合电泳仪，水平电泳槽，一起应用。如果要做不同的退火温度需要多次运行。主要是做简单的，对目的基因退火温度的扩增。
该仪器主要应用于医学临床检验，食品检测，科研机构，高等院校教学对遗传变异，基因表达等进行研究。
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