在农业的部获得登记的生物有机肥生产企业，基本上以从事微生物肥料生产为主，在发酵生产工艺上，多采用槽式堆置发酵法，还有其他的发酵方法，如：平地堆置发酵法、发酵槽发酵法、密封仓式发酵法等在生产中也得到了应用。在发酵腐熟过程中物料的水分、碳氮比、温度等的调节及腐熟剂的使用是生产工艺的关键，特别是菌剂的应用直接影响着物料发酵的周期及腐熟程度。经过腐熟的物料基本实现了产品的无害化，从而也有利于后处理过程中所加入功能菌的存活。
微生物菌肥还要看活菌数量是否符合规定，规定生物菌剂有效活菌数≥2亿/克，颗粒状的≥1亿/克，符合生物肥料和生物有机肥的有效活菌数≥2000万/克。切记不合格的生物菌肥不要购买使用。生物菌肥与经过充分腐熟的有机肥混合使用，其效果要远好于单独施用有机肥和生物菌肥。生物菌肥避免开袋后长期不用，要注意密封储存以免菌的种流失。开袋后长期不用，其他细菌就可能侵入袋内，使肥料中的微生物菌群的发生改变，影响其使用效果。
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