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研究表明，苦草(Vallisneria L.)、黑藻(Hydrilla verticillata L.)、金鱼藻(Ceratophyllum demersum)、伊乐藻(Elodea nuttalli)、狐尾藻(Myriophyllum L.)、菹草(Potamogeton crispus L.)均能有效去除水体中的
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研究表明，苦草(Vallisneria L.)、黑藻(Hydrilla verticillata L.)、金鱼藻(Ceratophyllum demersum)、伊乐藻(Elodea nuttalli)、狐尾藻(Myriophyllum L.)、菹草(Potamogeton crispus L.)均能有效去除水体中的氮、磷等营养盐含量,其中以草效果好。
金鱼藻、伊乐藻、眼子菜(Potamogeton L.)、狐尾藻、苦草等沉水植物通过叶片吸收等方式，对水体中总磷具有较好的去除效果，尤其在春季和秋季，金鱼藻对水体中总磷的去除率高达92.00%，且对总溶解性磷的去除率也高达90.93%。
从而影响沉水植物的光吸收效率，引起水体底层缺氧及植物根系腐烂等现象发生。水华暴发形成气泡浮渣也会增加光的衰减，对沉水植物造成影响。藻类形成的附着生物膜不仅影响沉水植物叶片表面的光吸收，还阻碍叶片对无机碳的吸收，影响碳酸盐在叶片表面的扩散 。
针对藻类引起的不良影响，通常可以采用生物控制与物理通气、曝气等方法 。物理通气等方法可破坏藻类的垂直分布，增加水体CO2，增大叶片与CO2的接触面积，解除CO2限制。浮游动物也可实现对藻类的控制。
在发生藻类水华时，可投放、接种浮游甲壳类动物如长溞(Daphnia longispiana)、大型溞(Daphnia magna)和方形网纹溞(Gerzoda daphnia gamaranaura)等进行控制 。
②鱼类的影响
草食性、杂食性鱼类及底层鱼类会对沉水植物造成影响 。由于草食性鱼类食量大,每天摄食沉水植物的量甚至超过鱼自身的重量，当摄食强度超过沉水植物的再生能力时，会导致沉水植物大规模减少甚至消失。而控制草食性鱼类的生长，会促进沉水植物的生长。去除武汉东湖草食性鱼类之后，微齿眼子菜(Potamogeton maackianus)自行恢复至6 000 g(WW)/m2的生物量。
研究表明，苦草、黑藻、金鱼藻、伊乐藻、狐尾藻、菹草均能有效去除水体中的氮、磷等营养盐含量,其中以苦草效果好。
金鱼藻、伊乐藻、眼子菜、狐尾藻、苦草等沉水植物通过叶片吸收等方式，对水体中总磷具有较好的去除效果，尤其在春季和秋季，金鱼藻对水体中总磷的去除率高达92.00%，且对总溶解性磷的去除率也高达90.93%。在太湖梅梁湾的生态修复工程区中，沉水植物的根系吸收作用和化学反应促进作用使沉积物总氮、总磷营养盐分别由修复前(2003年)的7043、1370mg/kg降低至2929、352mg/kg。
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