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菌群中的地衣芽孢等有益微生物施入土壤层后繁育成优点菌群，操纵化感营养成分和資源，使重茬、根腐、猝倒、牙床流动性、灰霉病等病原菌丧失生存环境和标准。绿色植物根茎体细胞植物细胞变厚、肝纤维化、木制化，转化成角质层两层，产生牢固天然屏障，避免病原菌侵入。绿色植物群中有益微生物如地衣芽孢、极大芽孢和侧孢芽孢能够提高土壤
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菌群中的地衣芽孢等有益微生物施入土壤层后繁育成优点菌群，操纵化感营养成分和資源，使重茬、根腐、猝倒、牙床流动性、灰霉病等病原菌丧失生存环境和标准。绿色植物根茎体细胞植物细胞变厚、肝纤维化、木制化，转化成角质层两层，产生牢固天然屏障，避免病原菌侵入。绿色植物群中有益微生物如地衣芽孢、极大芽孢和侧孢芽孢能够提高土壤层缓存能力，维持水份和水份，提高农作物的耐旱、耐寒和耐涝能力。与此同时，侧生胞子的胞子链球菌也可以加强叶子防护膜，抵御病原菌的感柒，抵御病害。
目前，大多数土壤酸化严重或营养丰富，或者遭受连作疾病和有害细菌的侵害，这使得普通微生物制剂难以进入土壤。尽管提前施用有机肥会好得多，但外部环境很难改变。因此，我们可以应用包裹有养分且具有多种微生物菌剂功能的自给式营养生物菌对土壤进行冲洗和施肥，使施用到土壤后也存在适合微生物种群繁殖的营养小环境，使微生物菌剂能够繁殖并逐渐改变周围的土壤环境。此外，有害细菌可以自行消除，有益细菌的含量可以增加，效果会越好。一般来说，这种微生物菌剂推荐使用2-3次。只有这样才能有效地改善土壤环境。
例如，过磷酸钙容易被土壤固定，与菌肥混合后不能施用，从而减少了化肥与土壤的接触面，降低了养分的固定。同时，化肥也可以被细菌肥料吸收和储存，以减少养分流失。此外，当大量化肥单独施用或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒副作用，如果化肥与菌肥混合后施用，就不会出现这种问题。同时，由于化肥只能为作物提供一种或多种养分，长期施用会导致作物养分缺乏，微生物菌肥含有大量有益微生物，可以改善土壤理化性质和微生态菌群，增强土壤中酶的活性，有利于养分转化。此外，当微生物菌肥用作冲施的追肥时，由于其本身的养分含量不高，如果单独使用，可能不足以满足作物正常生长的养分需求，所以醉与化肥混合均匀。
生物菌肥的优势:1 .土壤改良(1)通过有益菌的大量繁殖，大量有益菌在植物根部周围形成优势种群，抑制其他有害菌的生活活动。(2)土壤有机质分解，促进土壤团聚体的形成，通过有益菌的活动使土壤疏松，土壤的保肥、供肥、保水、供水和透气性得到良好调节。(3)分解土壤中的农残，避免下一季度残留对农作物的伤害。它还分解植物生长过程中从根部排出的有害物质。2.固氮、解磷、解钾功能可以部分利用空气中的氮，通过有益菌的生长和代谢产生相应的酶和酸，分解土壤中不溶性磷钾肥(95%的不溶性磷肥和98%的不溶性钾肥)，从而成为植物可以吸收的磷钾肥。因此，可以大大提高作物对肥料的利用率，从而减少肥料的使用。
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