PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致，或大或小，或者同时出现特异性扩增带 与非特异性扩增带。非特异性条带的出现，其原因：一是引物与靶序列不完全互补、或引物聚合形成二聚体。二是Mg2+离子浓度过高、退火温度过低，及PCR循环次数过多有关。其次是酶的质和量，往往一些来源的酶易出现非特异条带而另一来源的酶则不出现，酶量过多有时也会出现非特异性扩增。其对策有：必要时重新设计引 物。
Taqman探针法定量试剂
PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致，或大或小，或者同时出现特异性扩增带 与非特异性扩增带。非特异性条带的出现，其原因：一是引物与靶序列不完全互补、或引物聚合形成二聚体。二是Mg2+离子浓度过高、退火温度过低，及PCR循环次数过多有关。其次是酶的质和量，往往一些来源的酶易出现非特异条带而另一来源的酶则不出现，酶量过多有时也会出现非特异性扩增。其对策有：必要时重新设计引 物。减低酶量或调换另一来源的酶。降低引物量，适当增加模板量，减少循环次数。适当提高退火温度或采用二温度点法（93℃变性，65℃左右退火与延伸）。
不对称PCR(asymmetric PCR）枝术
两种引物浓度比例相差较大的PCR技术称不对称PCR.在扩增循环中引入不同的引物浓度.常用
50~ 100+1比例。在起初的10~ 15个循环中主要产物还是双链DNA.但当低浓度引物被消耗尽后。高浓度引物介导的PCR反应就会产生大量单链DNA.
应用:可制备单链DNA部分片段用于序列分析或核酸杂交的探针。
反转录PCR(reverse tranion, RT- PCR技术
当扩增模板为RNA时。需先通过反转录酶将其反转录为cDNA才能进行扩增。RT - PCR应用非常广泛。无论是分子生物学还是临床检验等都经常采用。
修饰引物PCR技术
为达到某些特殊应用目的.如定向克1隆、定1点突变、体外转录及序列分析等。可在引物的5*-端
加上酶切位点、突变序列、转录启动子及序列分析结合位点等。
等位基因特异性PCR(Allele- specificPCR. ASPCR技术
ASPCR依赖于引物3”-端的一个碱基错配,不仅减少多聚酶的延伸效率,而且降低引物-模板复合
物的热稳定性。这样有点突变的模板进行PCR扩增后检测不到扩增产物.可用于检测基因点突变。
单链构型多态性PCR(single- strandconformational polymorphism PCR, SSCPPCR)技术
SSCP- PCR是根据形成不同构象的等长DNA单链在中性聚丙1烯酰胺凝胶中的电泳迁移率变化来
检测基因变异。在不含变性剂的中性聚丙1烯酰胺凝胶中,单链DNA迁移率除与DNA长度有关外,更主要取决于DNA单链所形成的空间构象。相同长度的单链DNA因其顺序不同或单个碱基差异所形成的构象就会不同，PCR产物经变性后进行单链DNA凝胶电泳时，每条单链处于一定的位置.靶DNA中若发生碱基缺失、插入或单个碱基置换时.就会出现泳动变位。从而提示该片段有基因变异存在。
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