使用分支DNA信号扩增的RNA FISH
Invitrogen ViewRNA和PrimeFlow检测是使用分支DNA信号扩增 (bDNA) 来检测特异性信号的直接荧光RNA ISH方法。 使用独立但兼容的信号扩增系统让RNA靶标的多重复用成为可能。 荧光RNA原位杂交检测分为四个主要步骤:样本制备、靶标杂交、信号扩增以及检测。 该方法可实现更高的特异性,更低的背景
染色体原位杂交
使用分支DNA信号扩增的RNA FISH
Invitrogen ViewRNA和PrimeFlow检测是使用分支DNA信号扩增 (bDNA) 来检测特异性信号的直接荧光RNA ISH方法。 使用独立但兼容的信号扩增系统让RNA靶标的多重复用成为可能。 荧光RNA原位杂交检测分为四个主要步骤:样本制备、靶标杂交、信号扩增以及检测。 该方法可实现更高的特异性,更低的背景值和更高的信噪比。
惰性多聚体可用来促进250个碱基以上的探针的杂交率。对单链探针可增加3倍,而对双链探针、随机剪切或随机引物标记的探针可增加高达100倍。而短探针不需用促进剂,因其复杂度低和分子量小 ,短探针本身的杂交率就高 。硫酸葡聚糖是一种广泛用于较长双链探针杂交的促进剂。这是一种多聚胺,平均分子量为500 000。另一种常见的促进剂是聚乙二醇(PEG),PEG分子量小(6000~8000)、粘度低、价格低廉,但它不能完成取代硫酸葡聚糖。在某些条件下5%~10%硫酸葡聚糖效果较好,若用5%~10%PEG则可产生很高的本底。因此,使用促进剂时有必要优化条件。

另一种多聚体促进剂是聚丙0烯0酸,用其钠盐,浓度为2%~4%。与硫酸葡聚糖相比,其优点是价格低廉,粘度低(MW=90 000)。小分子化学试剂酚和Guandine thiocyanate也能促进杂交,它们可能是通过增加水的疏水性和降低双链和单链DNA间的能量差异而发挥作用。酚作为杂交促进剂,只能在低DNA浓度的液相杂交中观察到,该方法曾被称为酚乳化复性技术,该法不能用于固相杂交,因酚可引起核酸与膜的非特异吸附作用,即使在液相杂交中的应用也是有限的。而Guandine thiocyanate可通过降低双链DNA的Tm值而起作用。此外,该分子还可以促进RNA的杂交,有裂解细胞而抑制RNase的作用。总之,硫酸葡聚糖和聚乙二醇因能用于固相杂交是目前zui常用的杂交促进剂。

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