限制酶的限制作用实际就是限制酶降解外源DNA ，维护宿主遗传稳定的保护机制。Methylation是常见的修饰作用，可使腺piao呤A和胞嘧1啶C Methylation而受到保护。通过甲1基化作用达到识别自身遗传物质和外来遗传物质的目的。
所以，能产生防御病毒侵染的限制酶的细菌，其自身的基因组中可能有该酶识别的序列，只是该识别序列或酶切位点被Methylation了
内切酶
限制酶的限制作用实际就是限制酶降解外源DNA ，维护宿主遗传稳定的保护机制。Methylation是常见的修饰作用，可使腺piao呤A和胞嘧1啶C Methylation而受到保护。通过甲1基化作用达到识别自身遗传物质和外来遗传物质的目的。
所以，能产生防御病毒侵染的限制酶的细菌，其自身的基因组中可能有该酶识别的序列，只是该识别序列或酶切位点被Methylation了。但并不是说一旦Methylation了，所有限制酶都不能切割。大多数限制酶对DNAMethylation敏感，因此当限制酶目标序列与Methylation位点重叠时，对酶切的影响有3种可能，即不影响、部分影响、完全阻止。
对MethylationDNA的切割能力是限制酶内在和不可预测的特性，因此，为有效的切割DNA，必须同时考虑DNA Methylation和限制酶对该类型Methylation的敏感性。另外，大部分商业限制酶如今专门用于切割Methylation DNA。
一般是以微生物属名的第yi个字母和种名的前两个字母组成，第四个字母表示菌株（品系）。例如，从Bacillus amylolique faciens H中提取的限制性内切酶称为Bam H，在同一品系细菌中得到的识别不同碱基顺序的几种不同特异性的酶，可以编成不同的号，如HindⅡ、HindⅢ，HpaI、HpaⅡ，MboI、MboⅡ等。
别名：restriction endonuclease简称限制酶
酶反应：限制性内切酶能分裂DNA分子在一限定数目的专一部位上。它能识别外源DNA并将其降解。
单位定义：在指明pH与37℃，在0.05mL反应混合物中，1小时消化1μg的λDNA的酶量为1单位。
性状制品不含非专一的核酸水解酶（由10单位内切酶与1μg λDNA，保温16小时所得的凝胶电泳图谱的稳定性表示），这类酶主要是从原核生物中分离出来的，迄今已经从近300多种不同的微生物中分离出约4000种限制酶。
根据限制酶的结构,辅因子的需求切位与作用方式，可将限制酶分为三种类型，分别是第yi型（Type I）、第二型（Type II）及第三型（Type III）。
第yi型限制酶同时具有修饰(modification)及认知切割(restriction)的作用；另有认知(recognize)DNA上特定碱基序列的能力，通常其切割位(cleavage site)距离认知位(recognition)可达数千个碱基之远。例如：EcoB、EcoK。
第二型限制酶只具有认知切割的作用，修饰作用由其他酵素进行。所认知的位置多为短的回文序列(palindrome sequence)；所剪切的碱基序列通常即为所认知的序列。是遗传工程上，实用性较高的限制酶种类。例如：EcoRI、HindIII。
第三型限制酶与第yi型限制酶类似，同时具有修饰及认知切割的作用。可认知短的不对称序列，切割位与认知序列约距24-26个碱基对。例如：EcoPI、HinfIII。
几种酶的比较及限制酶
1几种酶的比较
(1)限制性内切酶:作用于DNA分子，切割磷酸二酯键，形成黏性末端或平末端。
(2) DNA连接酶:作用于DNA分子片段，连接磷酸二酯键，形成重组DNA分子。
(3) DNA聚合酶:作用于脱氧核苷酸，连接磷酸二酯键，形成新的DNA分子。
(4)解旋酶:作用于DNA分子，作用于氢键，形成DNA分子的单链。
2.限制酶:
(1)一种限制酶通常只识别一种特定的碱基序列，但是有少数限制酶却可以识别不止
一种碱基序列。
(2)不同限制酶也可以识别同-碱基序列;
(3)不同限制酶识别的碱基序列虽然不同，但切出的末端也可能相互连接。
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