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例如，过磷酸钙容易被土壤固定，与菌肥混合后不能施用，从而减少了化肥与土壤的接触面，降低了养分的固定。同时，化肥也可以被细菌肥料吸收和储存，以减少养分流失。此外，当大量化肥单独施用或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒副作用，如果化肥与菌肥混合后施用，就不会出现这种问题。同时，由于化肥只能为作物提供一种或多种养分
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例如，过磷酸钙容易被土壤固定，与菌肥混合后不能施用，从而减少了化肥与土壤的接触面，降低了养分的固定。同时，化肥也可以被细菌肥料吸收和储存，以减少养分流失。此外，当大量化肥单独施用或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒副作用，如果化肥与菌肥混合后施用，就不会出现这种问题。同时，由于化肥只能为作物提供一种或多种养分，长期施用会导致作物养分缺乏，微生物菌肥含有大量有益微生物，可以改善土壤理化性质和微生态菌群，增强土壤中酶的活性，有利于养分转化。此外，当微生物菌肥用作冲施的追肥时，由于其本身的养分含量不高，如果单独使用，可能不足以满足作物正常生长的养分需求，所以醉与化肥混合均匀。
土壤结构由矿物质、有机物和微生物组成，是作物生长发育的基础。土壤中的有益微生物直接参与一系列土壤肥力的形成和发展过程，如土壤中物质和能量的转化、腐殖质的形成和分解、养分的释放、氮的固定等。通过人工手段增加土壤中有益微生物的数量可以增强土壤中微生物的活性，从而提高土壤的肥力。尤其是作物根际土壤微生态系统的微生物活性对植物根系营养更为重要。因此，在植物根际施用微生物肥料可以增加根际土壤中有益细菌的数量和活性，从而提高土壤肥力。
微生物君剂的主要功能:
1.提高土壤肥力:一些微生物制剂可以增加土壤中氮、磷、钾的含量；还能提高某些土壤的酶活性，有利于土壤中养分的转化，有利于植物的吸收和利用。此外，在微生物制剂的帮助下，会产生大量的二氧化碳，这可以提高土壤的保水保肥能力。
2.促进不溶性矿物质养分的释放:生物微生物制剂提高土壤酶活性，溶解不溶性土壤养分，促进植物吸收。同时，它还分泌一些能够分解有机物的有机酸物质，产生的糖有利于固氮菌的生长。
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