原位杂交技术应用于染色体、细胞和组织切片等样品中进行核酸特异性检测，与免6疫组化技术的结合应用，能将DNA、mRNA和蛋白水平上的基因活性与样品的显微拓扑信息结合起来。1969年Pardue和Gall将放9射性标记的探针直接应用于纯化核酸的杂交，此后得益于分子克6隆技术的发展，及不同探针标记系统和检测系统的应用，大大增加了原位杂交检测的应用灵活性和检测灵敏度。
使用分支DNA
原位杂交
原位杂交技术应用于染色体、细胞和组织切片等样品中进行核酸特异性检测，与免6疫组化技术的结合应用，能将DNA、mRNA和蛋白水平上的基因活性与样品的显微拓扑信息结合起来。1969年Pardue和Gall将放9射性标记的探针直接应用于纯化核酸的杂交，此后得益于分子克6隆技术的发展，及不同探针标记系统和检测系统的应用，大大增加了原位杂交检测的应用灵活性和检测灵敏度。
使用分支DNA信号扩增的RNA FISH
Invitrogen ViewRNA和PrimeFlow检测是使用分支DNA信号扩增 (bDNA) 来检测特异性信号的直接荧光RNA ISH方法。 使用独立但兼容的信号扩增系统让RNA靶标的多重复用成为可能。 荧光RNA原位杂交检测分为四个主要步骤：样本制备、靶标杂交、信号扩增以及检测。 该方法可实现更高的特异性，更低的背景值和更高的信噪比。
总的来说，随探针浓度增加，杂交率也增加。另外，在较窄的范围内，随探针浓度增加，敏感性增加。依我们的经验，要获得较满意的敏感性，膜杂交中32P标记探针与非放0射性标记探针的用量分别为5～10 ng/ml和25～1000ng/ml，而原位杂交中，无论应用何种标记探针，其用量均为0.5～5.0μg/ml。探针的任何内在物理特性均不影响其使用浓度，但受不同类型标记物的固相支持物的非特异结合特性的影响。
根据不同的杂交实验要求，应选择不同的核酸探针。在大多数情况下，可以选择克0隆的DNA或cDNA双链探针。但是在有些情况下，必须选用其它类型的探针如寡核苷酸探针和RNA探针。例如，在检测靶序列上的单个碱基改变时应选用寡核苷酸探针，在检测单链靶序列时应选用与其互补的DNA单链探针（通过克0隆人M13噬菌体DNA获得）或RNA探针，寡核苷酸探针也可。长的双链DNA探针特异性较强，适宜检测复杂的靶核苷酸序列和病原体 ，但不适宜于组织原位杂交，因为它不易透过细胞膜进入胞内或核内。在这种情况下，寡核苷酸探针和短的PCR标记探针（80～150bp）具有较大的优越性。
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