多种探针标记检测系统
基于地高3辛、生物素和荧光标记分子的标记和检测系统是常见的原位杂交检测方法。
荧光标记检测常为直接探针标记方法，如在dUTP/UTP/ddUTP上连接Fluorescein后进行核酸标记。由于标记在核酸上的荧光分子必须经受杂交和洗脱过程中的考验，以及荧光分子易于衰减，其检测灵敏度受到一定的影响。但对荧光分子的直接检测呈现的背景较低。
ISH
多种探针标记检测系统
基于地高3辛、生物素和荧光标记分子的标记和检测系统是常见的原位杂交检测方法。
荧光标记检测常为直接探针标记方法，如在dUTP/UTP/ddUTP上连接Fluorescein后进行核酸标记。由于标记在核酸上的荧光分子必须经受杂交和洗脱过程中的考验，以及荧光分子易于衰减，其检测灵敏度受到一定的影响。但对荧光分子的直接检测呈现的背景较低。
原位杂交 (ISH) 是用于定位固定组织和细胞中特定核酸靶标的强大技术，能够获得与基因表达和遗传位点相关的时间和空间信息。 虽然ISH的基本工作流程与印迹杂交近似，即核酸探针被合成、标记、纯化和特异性靶标退火，但其不同之处在于前者可通过可视化显示组织内的结果来获得更多信息。 如今有两种基本方法来实现可视化显示原位RNA和DNA靶标，即荧光 (FISH) 和显色 (CISH) 检测。 每种检测方法本身的特点（见下表）使得FISH和CISH适用于截然不同的应用。 虽然两种方法均使用标记的、与样本杂交的靶标特异性探针，但每种方法用于可视化显示样本的仪器不同。 这里我们将强调每种方法的不同之处和各自的优势。
武汉思特进科技发展有限公司成立于2007年，是一家以实验技术研发、实验产品研发、日化产品研发、实验项目承接为一体的高新技术公司；公司实验中心有分子生物学平台、细胞平台、光镜平台、植物组培平台、原核蛋白表达平台、日化产品生产平台；可以开展各类动、植物、细菌、细胞等生物实验。
多彩色荧光原位杂交技术：显而易见，是荧光原位杂交的升级版，采用多个荧光来检测，目前的发展及运用也是较多的。
原位PCR：将原位杂交结合PCR技术发展起来的实验方法。
基因组原位杂交技术：该技术在我们的领域可能运用的毕竟少，主要是根据物种DNA同源性差异实现，在农作物等的杂交育种上运用较广，
武汉思特进科技发展有限公司成立于2007年，是一家以实验技术研发、实验产品研发、日化产品研发、实验项目承接为一体的高新技术公司；公司实验中心有分子生物学平台、细胞平台、光镜平台、植物组培平台、原核蛋白表达平台、日化产品生产平台；可以开展各类动、植物、细菌、细胞等生物实验。
在选用探针时经常会受到可利用探针种类的限制。如在建立DNA文库时，手头没有筛选特定基因的克0隆探针，这时就可用寡核苷酸探针来代替。但必须首先纯化该基因的编码蛋白，并测定6个以上的末端氨基酸序列，通过反推的核苷酸序列合成一套寡核苷酸探针。如果已有其它动物的同种基因克0隆，因为人类和动物间在同一基因的核苷酸顺序上存在较高的同源性，因此可利用已鉴定的动物基因作探针来筛选人类基因克0隆。对于基因核苷酸序列背景清楚而无法获得克0隆探针时，可采用PCR方法扩增某段基因序列，并克0隆人合适的质粒载体中，即可得到自己的探针。这种方法十分简便，无论基因组DNA探针还是cDNA探针都可以容易地获得，而且，可以建立PCR的基因检测方法，与探针杂交方法可作对比，可谓一举两得。
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