PCR反应特异性强：PCR反应的特异性决定因素为：①引物与模板DNA特异正确的结合；②碱基配对原则；③Taq DNA聚合酶合成反应的忠实性；④靶基因的特异性与保守性。
其中引物与模板的正确结合是关键。引物与模板的结合及引物链的延伸是遵循碱基配对原则的。聚合酶合成反应的忠实性及TaqDNA聚合酶耐高温性，使反应中模板与引物的结合（复性）可以在较高的温度下进行，结合的特异
直接PCR试剂
PCR反应
特异性强：PCR反应的特异性决定因素为：①引物与模板DNA特异正确的结合；②碱基配对原则；③Taq DNA聚合酶合成反应的忠实性；④靶基因的特异性与保守性。
其中引物与模板的正确结合是关键。引物与模板的结合及引物链的延伸是遵循碱基配对原则的。聚合酶合成反应的忠实性及TaqDNA聚合酶耐高温性，使反应中模板与引物的结合（复性）可以在较高的温度下进行，结合的特异性大大增加，被扩增的靶基因片段也就能保持很高的正确度。再通过选择特异性和保守性高的靶基因区，其特异性程度就更高。
PCR法不仅仅局限于分子生物学，还因其简便、迅速等特点被广泛应用于医学、法医学、食品、环境卫生检验、动植物检验等其它领域。Taq DNA聚合酶是PCR法普遍使用的聚合酶，但其具有如下局限性。
1. 可信度 (Fidelity)：通常Taq DNA Polymerase的Fidelity并不高，PCR反应有时会出现错配 (Misincorporation) 现象，因而PCR克1隆、变异导入等实验中，需加以注意。
2. 扩增的DNA长度：使用Taq DNA Polymerase进行PCR扩增时，通常可扩增几kb的DNA，超过10 kb则比较困难。这就给利用PCR进行Mapping等Genome解析带来麻烦。
3. 扩增量：使用Taq DNA Polymerase进行PCR产物克1隆及食品、环境卫生检验等时，扩增量常常达不到要求。为解决以上难题，Takara在对Polymerase、Buffer及反应条件等进行深入研究的基础上，开发了LA PCR (Long and Accurate PCR) 技术，运用此技术可大量正确地扩增长达40 kb 的DNA部分片段。LA PCR技术扩展了PCR的应用范围，可在Genome解析、基因诊断、长片段 DNA的克1隆及变异导入等方面发挥优势。
随机引物扩增技术(arbitrary primedPCR, AP- PCR)
AP-PCR技术通过随意设计或选择一个非特异性引物.在PCR反应体系中.首先在不严格条件下使
引物与模板中许多序列通过错配而复性。如果在两条单链上相距一定距离有反向复性引物存在,则可经Taq酶的作用使引物延伸而发生DNA部分片段的扩增。经一至数轮不严格条件下的PCR循环后，再于严格条件下进行扩增。扩增的产物经DNA测序凝胶电泳分离后.经放1射性自显影或荧光显示即可得到DNA指纹图。AP-PCR用于肿1瘤的抑制基因、癌基因的分离;菌1种、菌株及不同物种的鉴定;遗传作图;不同分化程度或某些不同状态下的组织的基因表达差异等方面的研究。
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