原位杂交技术应用于染色体、细胞和组织切片等样品中进行核酸特异性检测，与免6疫组化技术的结合应用，能将DNA、mRNA和蛋白水平上的基因活性与样品的显微拓扑信息结合起来。1969年Pardue和Gall将放9射性标记的探针直接应用于纯化核酸的杂交，此后得益于分子克6隆技术的发展，及不同探针标记系统和检测系统的应用，大大增加了原位杂交检测的应用灵活性和检测灵敏度。
原位杂交组织（
原位杂交试剂
原位杂交技术应用于染色体、细胞和组织切片等样品中进行核酸特异性检测，与免6疫组化技术的结合应用，能将DNA、mRNA和蛋白水平上的基因活性与样品的显微拓扑信息结合起来。1969年Pardue和Gall将放9射性标记的探针直接应用于纯化核酸的杂交，此后得益于分子克6隆技术的发展，及不同探针标记系统和检测系统的应用，大大增加了原位杂交检测的应用灵活性和检测灵敏度。
原位杂交组织（或细胞）化学技术简称原位杂交（In situ hybridization, ISH）是应用已知碱基顺序并带有标记物的核酸探针与组织细胞内待测的核酸，按碱基互补配对原则进行特异性结合，形成杂交体，然后用与标记物相应的检测系统，通过组织化学或免3疫组织化学方法在核酸原有位置进行细胞内定位、定性和定量研究。为分子水平研究细胞内基因表达及有关细胞5因子的调控提供了有效的工具。可视为组织化学与免3疫组织化学的重大突破。
原位杂交不需要从组织中提取核酸，对于组织中含量极低的靶序列有极高的敏感性，并可完整地保护组织和细胞的形态，更能准确地反映出组织细胞的相互关系及功能状态。
使用分支DNA信号扩增的RNA FISH
Invitrogen ViewRNA和PrimeFlow检测是使用分支DNA信号扩增 (bDNA) 来检测特异性信号的直接荧光RNA ISH方法。 使用独立但兼容的信号扩增系统让RNA靶标的多重复用成为可能。 荧光RNA原位杂交检测分为四个主要步骤：样本制备、靶标杂交、信号扩增以及检测。 该方法可实现更高的特异性，更低的背景值和更高的信噪比。
杂交技术zui重要的因素之一是选择zui适的杂交反应温度。若反应温度Tm 10～15℃，碱基顺序高度同源的互补链可形成稳定的双链，错配对减少。若反应温度再低（Tm-30℃），虽然互补链之间也可形成稳定的双链，但互补碱基配对减少，错配对增多、氢键结合的更弱。如两个同源性在50%左右或更低些的DNA，调整杂交温度可使它们之间的杂交率变化10倍，因此在实验前必须首先确定杂交温度。通常有三种温度可供试验，即zui适复性温度、苛刻复性温度及非苛刻复性温度。温度的选择及温度对杂交的影响见表18-3。
zui适复性温度（Optimunm renaturation temperature, TOR）：Tor =Tm –25℃
苛刻复性温度：Ts = Tm – (10或15℃)
非苛刻复性温度：Tns =Tm – (30或35℃)
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