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自动化进样器常见的问题是脏，术语叫做交叉污染，交叉污染产生的原因很直接，样品残留在进样针/外表面，并且随着下一个进样器的进样器进入色谱系统，要解决交叉污染，也很简单，自动进样器都会有洗针的功能，如果样品浓度较高，就会有洗针的功能。如忘了开洗针功能，可能污染已残留在针座或六通阀阀上，此时要对这两个部件进行清洗，需要按照说明书上的维修步骤将这两个部件拆开超声清洗。
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流量过五关斩六将，下一站是探测器探测器的一个非常重要的部分就是光源，通常称为灯，灯是一种消耗品，像家用灯泡一样，使用到一定程度就会失效。但家中的灯泡不能像家里的灯泡那样点不亮时要更换，因为放在检测器中的灯是需要发射能量的，一旦能量衰减到一定程度，就会出现基线噪声变大、灵敏度降低等一系列问题。一般情况下，灯泡的寿命是2000 h，当达到这一时，我们就特别注意灯泡的能量状况，可以通过在仪器维护软件中自带的“灯能测试”来判断，测试的结果将分别对低、高三个波长段的能量进行评估，一旦某一波长段的结果显示失败，就表示要换灯，通常个失败的都是低波长段。
代表产品：英国 MSI公司的 AUTOCONCEPTGC-MS: Autoconcept比任何同类产品占用更少的场地，不需要额外的分析实验室空间。Autoconcept在同类产品中以小尺寸。FT-ICR-MS，傅立叶变换质谱在质谱仪上，质量的精度超高，数月不用校正。但价格也是高得令人寒心。具分辨率的傅立叶变换质谱仪是科研设备。好处：能做多层次的系列，定极强；极高的分辨率；敏感度好。 劣势：容积重；出售；它的速度更慢；维修费用很高。提供了罕见的全范围的离子稳定性和的研究极分辨率，深入分析化合物同位素的精细结构，并获得确定元素组成的详细信息。
变换质谱 好处：高分辨率，60 k~120 kFWHM质量精度高；与FT-ICR相比，价格略低(~450 kUSD)。劣势：无法单独做串级；ICR的分辨率、灵敏度、稳定性等与FT-ICR仍有距离。代表产品：Thermo Orbitrap系列质谱；Thermo Scientific Q Exactive GC OrbitrapGC-MS/MS系统：不仅有三个四连杆GC-MS的定量能力，而且还有 Orbitrap技术所提供的高质量精度、全扫描高分辨率和的质量数据能力。Orbitrap与FT-ICR-MS的技术对比： Orbitrap与原来的“超导磁体傅立叶变换离子回旋共振质谱”(SCFT-ICR-MS，简称 FTMS)有很多不同之处。Orbitrap相当于一个轻量级的 FTMS，维护简单，相当于 TOF；在指标上稍逊于 FTMS，但优于普通质谱。Orbitrap的分辨率 FTMS。两者的取样速度相等，但比 TOF、四极杆、离子阱更慢。两种方法都能通过减少采样时间来提高采样速度，但这是以牺牲分辨率为代价的。
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柱材的选择应根据待分析的样品性质和试验条件确定。若要分析的样品易分解或有腐蚀性，应考虑使用玻璃管或聚四氟乙烯管。玻璃管柱的优点是化学惰性好，制备的柱子柱效高，便于观察柱子的填充，而玻璃管易碎是其缺点。PTFE管的优点是耐腐蚀，缺点是不耐高温高压。目前填充柱中通常采用 zui不锈钢管。其优点是不破碎，传热性好，柱寿命长，可满足一般样品分析要求。其缺点是内壁较粗糙，活性较大，很难清洗干净。
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在使用前应对填充柱进行清洗处理，并进行试漏检测。清洁方法与管柱材料有关。对不锈钢管，一般采用10%热浸泡，抽去管内壁的油污，再用自来水洗净。若使用1:20的稀盐酸溶液重复处理，则可明显降低对柱内壁的吸附。玻璃柱子的清洁可参考上述方法，不同的是一般用洗液浸泡。类似地，为了降低玻璃的内壁活性，可用5%二二氯硅i烷的溶液浸渍处理，然后用和分别洗净。气柱检漏方法比较简单：可将柱子泡在水中，堵死柱的一端，在另一端通气，若无气泡冒出，则说明柱子无泄漏现象。
固相萃取柱填料：
固相萃取填料通常是色谱吸附剂，可以分为三大类：第i一类是以硅胶为基质(如C18、C8等)；第二类是聚苯乙i烯-二乙烯苯等无机材料，如聚苯乙i烯-二乙烯苯等；另一类是以硅藻土、氧化铝、石墨化碳等为主要原料。
固相萃取柱容量：
柱的容量必须考虑到固相萃取柱的选择。因为我们所面对的样品基体往往比较复杂，如食物、生物样品等。固相萃取中，固相萃取吸附剂吸附目标化合物的同时，也吸附类似性质的杂质。所以在考虑柱容量时，应是总目标化合物加可吸附杂质含量不能超过柱容量。反之，可能会有部分目标化合物在载样过程中不能被吸附，导致回收率较低。
固体萃取柱的用途：
大多数的固相萃取都是通过人工来完成的，即在固相萃取柱的上端连接一个注i射器，在注i射器的挤压下萃取柱中的液体被挤出。此外，也可采用正压力或负压力的固相萃取设备对批量样品进行固相萃取。伴随着技术的发展，样品量的不断增加，越来越多的分析实验室开始采用自动固相萃取仪，尤其是多通道固相萃取仪。
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