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对于根系发达的沉水植物如眼子菜、苦草、狐尾藻等，可通过根吸收和促进沉积物中化学反应等方式对内源污染进行控制，削减浮游植物营养盐来源。②化感作用沉水植物分泌的化感物质可抑制水体中浮游植物的生长，减弱浮游植物或附着藻的遮阴效应，促进自身生长。化感物质可使藻类细胞的生理作用产生变化，如影响抗化酶活性、碱性磷酸酶活性，促进丙
水生植物苦草种植
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对于根系发达的沉水植物如眼子菜、苦草、狐尾藻等，可通过根吸收和促进沉积物中化学反应等方式对内源污染进行控制，削减浮游植物营养盐来源。
②化感作用
沉水植物分泌的化感物质可抑制水体中浮游植物的生长，减弱浮游植物或附着藻的遮阴效应，促进自身生长。化感物质可使藻类细胞的生理作用产生变化，如影响抗化酶活性、碱性磷酸酶活性，促进丙二醛等有毒物质积累，从而引起藻类生物量的减少。通过化感物质抑制藻类生长的沉水植物至少有37种，其中以狐尾藻、金鱼藻、伊乐藻、茨藻、轮藻等的化感作用较明显。
沉水植物所处水环境的温度变化比较缓慢而且稳定，其不同的代谢过程对温度的反应有所不同，而生长则代表了所有这些过程及反应的综合。从抽条生物量、抽条长度及抽条数目看，黑藻在较高温度(32 ℃)时比穗花狐尾藻和埃格草表现出较大的生长反应。对埃格草而言，顶生生长在夏季停止，当温度达到30℃时植株开始衰亡，秋季时则恢复生长;当水温降至10℃时，生物量达大。国内外关于温度对菹草生长的影响研究结果不尽一致。有的研究认为范草适宜生长温度为15℃-20 ℃，，30 ℃时净产氧量高。
有的研究认为菹草的适宜生长温度为10℃-20℃:陈洪达研究发现水温与菹草净产氧量呈曲线相关，水温为16℃左右，菹草净产氧量高，21℃时毛产氧量高。研究也表明水温为10℃-35℃时，菹草顶枝光合作用净产氧量、毛产氧量都与温度呈曲线相关，20℃附近菹草光合作用产氧量高，适宜的生长温度为15 ℃ -25 ℃。作者认为不同的结论和各人所使用的材料差异有关。 温度对沉水植物光合作用有显著的影响。在不同的沉水植物中已发现与温度有关的光合速率存在着很大差异。
到达水体底部的光照强度能够满足沉水植物光合作用需求，沉水植物能够正常生长繁殖；在透明度较低的湖泊中，水下光照度大值随着水深的增加向红光波段移动，且蓝光波段衰减速率大于红光波段衰减速率。
在可见光范围内，红光和蓝光都是植物光合作用能够吸收利用的波段，但是因为叶绿素a对可见光的吸收峰值主要在红光波段，叶绿素b的吸收峰值在蓝光波段，因此水体中蓝光的衰减会影响沉水植物叶片的色素构成，进而影响沉水植物的物种分布。
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