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沉水植物除了通过根、叶吸收水体中的氮、磷及控制水体中营养盐浓度外，还可在光合作用过程中产生氧气扩散到根际并进入沉积物，影响沉积物氮、磷的循环。相关研究表明，沉水植物覆盖的区域中，氧气可以渗透至沉积物表层20 mm处，而在无沉水植物覆盖的区域，氧气的渗透深度仅4 mm；沉积物中的Fe2+在沉水植物根际氧化作用下形成Fe
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沉水植物除了通过根、叶吸收水体中的氮、磷及控制水体中营养盐浓度外，还可在光合作用过程中产生氧气扩散到根际并进入沉积物，影响沉积物氮、磷的循环。相关研究表明，沉水植物覆盖的区域中，氧气可以渗透至沉积物表层20 mm处，而在无沉水植物覆盖的区域，氧气的渗透深度仅4 mm；沉积物中的Fe2+在沉水植物根际氧化作用下形成Fe3+,并与PO43--P形成铁-磷复合体,抑制磷从沉积物释放到水体中。同时，沉水植物通过促进沉积物-水界面的反硝化作用，还原硝盐，释放出分子态氮(N2)或一氧化二氮(N2O)，减少水体中的氮营养盐。
鱼类对底泥的扰动及排泄作用导致底泥中营养盐释放至水体中，刺激藻类生长，反过来抑制沉水植物生长。Wright等对英国2个湖泊进行研究，发现当去除湖泊中的鱼类(396 kg/hm2)，沉水植物覆盖度由1%上升到93%，生物量由1.0 g/m2上升到46.7 g/m2；当再度引进鱼类时，沉水植物生物量又由46.7 g/m2下降至4.8 g/m2。由此可见，鱼类是沉水植物生长的重要限制因子。展望富营养化浅水湖泊修复过程中，控制营养盐和构建健康的生态系统是主要目标。
温度对沉水植物的影响
温度是影响沉水植物繁殖体发芽和幼苗生长的重要因素。温度虽对菹草冬芽的萌发无影响;但萌发后两周内幼苗的生长受到温度的显著影响。氧饱和条件下，20℃时，萌发的幼苗能够正常生长，根的发育正常;10℃时，萌发的幼苗初期生长较慢，但终也能够正常生长发育，长出时间较晚且生长速度慢。厌氧条件下，20℃和10℃时幼苗虽然生长速度较快，但均为白化苗，且根的发育受到抑制。苦草种子在水温18-22℃时，经4-Sd开始发芽，约15d，出苗率可达98%以上，并且温度为20℃时，发芽率往往达到高。
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