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不同沉水植物分泌的化感物质对藻类的作用不同，从而影响浮游植物种类组成。研究发现，狐尾藻通过分泌化感物质抑制碱性磷酸酶活性，减少叶片表面磷的释放量，降低附着藻的磷元素来源，限制附着藻的生长；水蕴草[Elodea densa(Planch.)Casp.)和伊乐藻可以通过化感作用抑制附着蓝藻的生长，进而限制附着藻生物膜的形
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不同沉水植物分泌的化感物质对藻类的作用不同，从而影响浮游植物种类组成。研究发现，狐尾藻通过分泌化感物质抑制碱性磷酸酶活性，减少叶片表面磷的释放量，降低附着藻的磷元素来源，限制附着藻的生长；水蕴草[Elodea densa(Planch.)Casp.)和伊乐藻可以通过化感作用抑制附着蓝藻的生长，进而限制附着藻生物膜的形成，促进叶片表面对光照和营养盐的吸收 。
③其他作用
浮游植物不具有主动运动能力,通常需要借助风浪、水流等外力作用,而沉水植物可以减弱风浪对水体的扰动,使浮游植物失去漂浮的助力,加速其沉降。此外，沉水植物还可以影响浮游植物对光照的吸收,限制其群落的发展。
鱼类对底泥的扰动及排泄作用导致底泥中营养盐释放至水体中，刺激藻类生长，反过来抑制沉水植物生长。Wright等对英国2个湖泊进行研究，发现当去除湖泊中的鱼类(396 kg/hm2)，沉水植物覆盖度由1%上升到93%，生物量由1.0 g/m2上升到46.7 g/m2；当再度引进鱼类时，沉水植物生物量又由46.7 g/m2下降至4.8 g/m2。由此可见，鱼类是沉水植物生长的重要限制因子。展望富营养化浅水湖泊修复过程中，控制营养盐和构建健康的生态系统是主要目标。
了解沉水植物在富营养化浅水湖泊治理中的生态机理，恢复沉水植物群落是富营养化浅水湖泊修复的重要方向。但是作为维持湖泊清水态的关键因子，沉水植物受到诸多因素的影响。因此，现阶段通过改善基础环境恢复沉水植物是实现富营养化浅水湖泊生态恢复的有效途径。
在采用“恢复沉水植物群落”手段进行富营养化湖泊修复时，笔者提出了以下几点建议：
(1)针对不同地区(如不同气候带等)的修复对象，结合客观实际,优先选用土著种、化感作用强、根际固定作用强的沉水植物用于控制藻类及沉积物内源污染。
富营养化是一种氮、磷等营养物质过度输入水体，所引起的水质污染现象。一般情况下，水中总磷达到0.02mg/L、无机氮达到0.3mg/L的水体已处于富营养化。
在自然条件下，随着河流夹带冲积物和水生生物残骸在湖底的不断沉降淤积，水体会从贫营养过渡为富营养，这是一种极为缓慢的过程，需要数百年的时间。但人类的活动能够加速这一过程，在我国，由于近几十年来经济的高速发展和过度的湖泊资源开发利用，大量的氮磷营养物质随着工业废水、生活污水排入湖泊水体中，导致湖泊水体营养物质过剩，水体发生富营养化，长江中下游区域湖泊尤为严重。
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