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菌群中的地衣芽孢等有益微生物施入土壤层后繁育成优点菌群，操纵化感营养成分和資源，使重茬、根腐、猝倒、牙床流动性、灰霉病等病原菌丧失生存环境和标准。绿色植物根茎体细胞植物细胞变厚、肝纤维化、木制化，转化成角质层两层，产生牢固天然屏障，避免病原菌侵入。绿色植物群中有益微生物如地衣芽孢、极大芽孢和侧孢芽孢能够提高土壤
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菌群中的地衣芽孢等有益微生物施入土壤层后繁育成优点菌群，操纵化感营养成分和資源，使重茬、根腐、猝倒、牙床流动性、灰霉病等病原菌丧失生存环境和标准。绿色植物根茎体细胞植物细胞变厚、肝纤维化、木制化，转化成角质层两层，产生牢固天然屏障，避免病原菌侵入。绿色植物群中有益微生物如地衣芽孢、极大芽孢和侧孢芽孢能够提高土壤层缓存能力，维持水份和水份，提高农作物的耐旱、耐寒和耐涝能力。与此同时，侧生胞子的胞子链球菌也可以加强叶子防护膜，抵御病原菌的感柒，抵御病害。
例如，过磷酸钙容易被土壤固定，与菌肥混合后不能施用，从而减少了化肥与土壤的接触面，降低了养分的固定。同时，化肥也可以被细菌肥料吸收和储存，以减少养分流失。此外，当大量化肥单独施用或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒副作用，如果化肥与菌肥混合后施用，就不会出现这种问题。同时，由于化肥只能为作物提供一种或多种养分，长期施用会导致作物养分缺乏，微生物菌肥含有大量有益微生物，可以改善土壤理化性质和微生态菌群，增强土壤中酶的活性，有利于养分转化。此外，当微生物菌肥用作冲施的追肥时，由于其本身的养分含量不高，如果单独使用，可能不足以满足作物正常生长的养分需求，所以醉与化肥混合均匀。
微生物肥料的使用环境被忽视，导致使用效果不佳。
高温干旱条件下应避免使用微生物肥料。施用微生物肥料时，应注意温度和湿度的变化。在高温干旱条件下，微生物的生存和繁殖将受到影响，不能充分发挥其作用。应结合覆盖土壤和浇水等措施，以防止微生物肥料暴露在阳光直射下或因缺水而难以发挥作用。
还应注意微生物肥料的适当施用时间。早晚早或阴天无雨，避免阳光中的紫外线微生物sha，使用效果好。
此外，微生物肥料不能长时间浸泡在水中，应在稻田干湿交替灌溉，以促进生物细菌的活动。由需氧微生物主导的产品不应用于稻田。严重干旱的土壤会影响微生物的生长和繁殖，微生物肥料适宜的土壤含水量为50%~70%。
要解决土壤问题，可以说作物生长的关键在于根系，而根系的生长则取决于土壤。01具有良好透气性和粘性的土壤具有良好的保水保肥性能，但粘度过大和透气性差也会导致根系呼吸能力减弱和不利生长。如果种植蔬菜后幼苗的原始生长没有太大变化，但枯树现象开始出现，很可能由于土壤的大粘附力，根系不能从基质中伸出。同样，硬化土壤的透气性很差。这种土壤不利于生长，所以蔬菜很难种植和生根。土壤酸碱度每种作物都有其适宜的土壤酸碱度范围，一般作物吸收矿质养分的适宜酸碱度为5.5-6.5，超过这个范围，所有作物都会产生一定的影响。
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