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当缺乏沉水植物时，浮游动物的种群密度处于较低水平(15%~20%时，浮游甲壳类动物生物量处于较高水平，且体型较大的个体居多 。由此可见，沉水植物群落在一定程度上可保证浮游动物的种群数量，实现对浮游植物的控制，有利于维持湖泊的清水状态。沉水植物的生态效应机理不同营养级的上行效应(Bottom-up Effect)和下行
沉水植物常绿苦草种植
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当缺乏沉水植物时，浮游动物的种群密度处于较低水平(<1 ind/L)，而浮游植物的密度则处于较高水平(38 mm3/L)；当沉水植物的PVI>15%~20%时，浮游甲壳类动物生物量处于较高水平，且体型较大的个体居多 。由此可见，沉水植物群落在一定程度上可保证浮游动物的种群数量，实现对浮游植物的控制，有利于维持湖泊的清水状态。
沉水植物的生态效应机理
不同营养级的上行效应(Bottom-up Effect)和下行效应(Top-down Effect)相结合维持着生态系统群落结构的稳定。沉水植物对无机环境的影响以及与其他生物之间的相互作用(图1)保证了生态系统中上行效应和下行效应及其他级联效应的正常发挥 。
水生植物的恢复过程与环境因子的变化过程是相互紧密关联的，环境因子对水生植物恢复的影响正成为水生植被研究的热点，光照、水温、pH、水体营养盐、基质等非生物环境因子及着生藻类、鱼类放养、人工收获等生物环境因子均能对水生植物，
特别是沉水植物的发育成活产生重大影响(刘建康，1999)。沉水植物在其主要的周期中植株沉水，生理上极端依赖于水环境，对水质的变化十分敏感，其生长和分布受多项环境因子的调控。在所有的环境因子中，水下光强和水温是影响沉水植物生长、分布的重要因子，其中水下有效光强被认为是影响沉水植物生长、分布重要的因子之一，而且其它生物或非生物环境因子的作用也会间接导致水下光强的变化，如:悬浮颗粒(泥沙、藻类)。
随着研究人员对长江中下游湖泊的研究工作逐步深入，长江中下游湖泊富营养化机制已基本被阐释，目前更多的研究工作主要围绕湖泊生态系统恢复展开。在湖泊生态系统恢复的进程中，沉水植被的的恢复重建至关重要，当湖泊水体氮磷浓度降低到适合沉水植物生长时，穗状狐尾藻、金鱼藻、苦草等先锋种开始恢复定植。
沉水植物的恢复重建是一个缓慢的过程，单一物种的恢复很难长期维持，一般在短暂恢复后又趋于退。而多物种、多种群的恢复能够取得良好的恢复效果，研究表明当沉水植物丰富度达到3种物种以上时，能够显著改善水质指标和水体透明度
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