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沉水植物除了通过根、叶吸收水体中的氮、磷及控制水体中营养盐浓度外，还可在光合作用过程中产生氧气扩散到根际并进入沉积物，影响沉积物氮、磷的循环。相关研究表明，沉水植物覆盖的区域中，氧气可以渗透至沉积物表层20 mm处，而在无沉水植物覆盖的区域，氧气的渗透深度仅4 mm；沉积物中的Fe2+在沉水植物根际氧化作用下形成Fe
沉水植物矮型苦草种植
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沉水植物除了通过根、叶吸收水体中的氮、磷及控制水体中营养盐浓度外，还可在光合作用过程中产生氧气扩散到根际并进入沉积物，影响沉积物氮、磷的循环。相关研究表明，沉水植物覆盖的区域中，氧气可以渗透至沉积物表层20 mm处，而在无沉水植物覆盖的区域，氧气的渗透深度仅4 mm；沉积物中的Fe2+在沉水植物根际氧化作用下形成Fe3+,并与PO43--P形成铁-磷复合体,抑制磷从沉积物释放到水体中。同时，沉水植物通过促进沉积物-水界面的反硝化作用，还原硝盐，释放出分子态氮(N2)或一氧化二氮(N2O)，减少水体中的氮营养盐。
光对沉水植物繁殖的影响
在北亚带及温带地区，苦草、黑藻、金鱼藻及菹草，均属于一年生沉水植物，特化的营养繁殖体对于沉水植物种群的季节性起着决定性的作用。这些营养繁殖体在形成之后便掉落在湖底(菹草、黑藻、金鱼藻)或直接在底泥中形成(苦草)，它们的萌发过程也在湖底完成，因而湖底光照和氧气条件直接影响它们的萌发与生长。在湖泊富营养化过程中，浮游藻类引起的湖水透明度下降导致水下光照不足，成为限制沉水植物生存的主要因素。
富营养化是一种氮、磷等营养物质过度输入水体，所引起的水质污染现象。一般情况下，水中总磷达到0.02mg/L、无机氮达到0.3mg/L的水体已处于富营养化。
在自然条件下，随着河流夹带冲积物和水生生物残骸在湖底的不断沉降淤积，水体会从贫营养过渡为富营养，这是一种极为缓慢的过程，需要数百年的时间。但人类的活动能够加速这一过程，在我国，由于近几十年来经济的高速发展和过度的湖泊资源开发利用，大量的氮磷营养物质随着工业废水、生活污水排入湖泊水体中，导致湖泊水体营养物质过剩，水体发生富营养化，长江中下游区域湖泊尤为严重。
太阳辐射进入水体后会受到水体本身的吸收，浮游植物、悬浮物的吸收散射以及有色可溶性有机物的吸收，然后到达生长在水面以下的沉水植物叶片表面，这一过程称为光衰减（图3）。
水体光衰减过程
在光衰减过程中，光照强度不断降低，当光照强度衰减到水面入射光照的1%时，此时的水体深度称为真光层深度（Zeu）。而此时真光层水深处的光照强度必须高于沉水植物的光补偿点才能保证沉水植物光合作用的正常进行。当到达沉水植物叶片表面处的光照强度某种沉水植物的光补偿点时，该物种便会因光照不足而无法生存。
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