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微生物肥料的作用主要是提供对作物生长有益的“微生物群落”，而不是“营养元素”。这些有益的微生物施到土壤中后，能产生各种不同作用。例如以固氮细菌为主的微生物肥料能通过细菌的活动，固定空气中的氮元素，供作物生长时吸收利用——即“固氮”作用；以解磷细菌为主的微生物肥料则通过细菌的活动，分解土壤中部分不能被作物吸收的磷元素，
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微生物肥料的作用主要是提供对作物生长有益的“微生物群落”，而不是“营养元素”。这些有益的微生物施到土壤中后，能产生各种不同作用。例如以固氮细菌为主的微生物肥料能通过细菌的活动，固定空气中的氮元素，供作物生长时吸收利用——即“固氮”作用；以解磷细菌为主的微生物肥料则通过细菌的活动，分解土壤中部分不能被作物吸收的磷元素，使磷从土壤中分解出来，供作物生长时吸收利用——即“解磷”作用；以解钾细菌为主的微生物肥料主要作用是，通过细菌的活动，分解土壤中部分不能被作物吸收的钾元素，使钾从土壤中分解出来，供作物生长时吸收利用——即“解钾”作用。同时，微生物在土壤中的生活、活动，可产生很多代谢产物或分泌物，这些分泌物对作物的生长有刺激作用。
分解土壤中的残留，避免残留对下季作物产生药害。还对植物生长过程通过根系排放的有害物质进行分解。固氮、解磷、解钾功能 能够部分利用空气中的氮，通过有益菌生长代谢产生相应的酶和酸，可对土壤中难溶性的磷、钾肥(土壤中难溶性磷肥占95%，难溶性钾占98%)进行分解，从而成为植物所能吸收的磷钾肥。因此能够大大提高作物对肥料的利用率，从而减少肥料的施用。
翻面20天后先翻面，再翻20天，再翻一遍。当堆肥表层与真菌菌丝整体形成白发，标志着堆肥进入厌氧发酵阶段（无需氧气参与），压实后的堆肥应采用塑料薄膜密封，其作用是保温、保湿、防止氮肥流失，以便在后期慢慢分解。一般来说，堆肥在夏季大约需要1~2个月，在冬季大约需要3~4个月。混合将所有原料混合，加入一定量的水（含水量50%～60%），有条件地混合0.1%～0.2%的堆肥发酵菌。加入发酵剂使发酵迅速；不添加，原料本身就有一定数量的发酵菌。堆放混合料堆放，宽度2~3米，高度5~2米，长度不限。混合料的填充度较好，自然堆积密实。堆放后，将塑料薄膜覆盖在桩上保温保湿。
微生物菌肥使用前后，运输，存放和土壤环境直接影响微生物菌肥使用效果。所以在不适宜的环境中，会导致有益微生物菌的活性降低。运输或存储时具体适宜的环境以及注意事项注意光照微生物菌忌暴晒（因为它们是在土壤中生长的）。 注意温度存储放置时，温度不能太高也不能太低，更不能忽高忽低目前农业用地约有五分之一受到污染，现有约2亿亩耕地在利用上存在粮食、生态等问题，在农业生产中，土壤破坏主要表现为土壤板结、酸化、次生盐渍化、重金属含量超标所造成的土壤污染严重、作物死苗烂根严重等现象，其中任何一种现象都会对农作物造成损害，易发生各种病虫害，肥料利用率低，作物差等。
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