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在遐迩的澳大利亚生物医学发现研究所看来，了解人体反应的机制对于他们正在进行的过敏反应、药过敏反应和的研究至关重要。研究者们正在利用蛋白质组学数据来识别反应的靶点，开发具有抗原特异性的药，同时将质谱分析应用于早期发现阶段和随后的靶向分析。
澳大利亚的生物化学和分子生物学系是
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在遐迩的澳大利亚生物医学发现研究所看来，了解人体反应的机制对于他们正在进行的过敏反应、药过敏反应和的研究至关重要。研究者们正在利用蛋白质组学数据来识别反应的靶点，开发具有抗原特异性的药，同时将质谱分析应用于早期发现阶段和随后的靶向分析。
澳大利亚的生物化学和分子生物学系是澳大利亚至大的研究机构，拥有大约53个独立实验室，有400多名科学家和研究生。该研究所隶属于莫纳什生物医学发现研究所，该研究所领导六个研发项目：、疾病、和发育、和、代谢性疾病和肥胖、神经科学。有个人是蛋白质组学实验室的负责人，他说：“我的团队需要进行质谱分析，我在研究所的一项职责就是将质谱技术应用于蛋白质组学和小分子分析研究。本组在四个研究方向上采用这项技术，主要应用于人类疾病过程中反应靶点的识别。
他说：“我们希望发现那些能威胁生命的药出现的反应机制，并且发展出针对类性和1型的抗原特异性疗法。此外，我们也有多种研究项目，如学鉴定新抗原表位，以及利用蛋白质组学和肽组学定量方法理解反应中的关键识别规律等。多学科交叉研究为我们提供了有关疾病的新观点，例如，自身疾病可能与有直接关系。」
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近视是一种日益普遍的眼病，它会导致人们在观察远处物体时变得模糊。利用蛋白质组学技术，香港科学家对影响眼睛正常发育和导致近视的因素进行研究。
蛋白组学是指在特定疾病状态下所涉及到的大量蛋白质，并从中找到影响人类和动物正常发育的外部环境或遗传因素。香港科技大学视光学院副 利用蛋白质组学技术，对多种眼疾进行研究，特别是近i视眼。该人描述了他在实验室里如何利用 SCIEX仪器进行研究：“我大约15年前从香港理工大学毕业，拿到了博士。长期以来，我对近视的研究非常感兴趣，这是我攻读博士期间研究的重点。但是在这之前，我们完全了解了蛋白质组学以及这项技术能够为我们提供更深入的信息。蛋白质组学对很多临床研究非常有用，如近视、青i光眼、黄斑变性、i感i染等。在蛋白质组学的研究中，发现新蛋白质间的相互作用可能会给带来更好的方法，因此我决定要在这方面进行一次探索。”
“眼睛是这类蛋白质组研究的理想模型，我们可以将一只病眼与一只健康的眼睛直接进行比较，因为它们的遗传模式是相同的。研究期间，曾用2- D凝胶技术来分析动物眼睛里的蛋白质，这非常耗时。但是到那时，几乎没有其他方法可供选择，对利用蛋白质组研究近视的技术几乎一无所知。另外，某些组织类型(如眼液)不能使用凝胶技术，这限制了我们的工作。只是在几年之后，人们才开始从使用二维凝胶技术转向使用液相色谱-质谱法，这促使我在7年前左右购买了离子阱和MALDI-TOF质谱仪。遗憾的是，我没有时间去理解这个系统的复杂性，这使我在硬件和软件使用上遇到困难，导致蛋白质组学研究被搁置数年。但是这些都是在我接触 SCIEX之前发生的。
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三联四极杆质谱仪能用来做定性的分析吗？
这是怎么回事啊？三重四极杆质谱仪是目前公认的至好的定量仪器，久而久之，我想一般人认为只能定量了，事实上三四极杆也的确有大部分工作在定量检测，但不只是用于定量分析，你想啊，质谱本身就只有质谱，比 UV, IR等更多工作，用纯四极杆，通常看分子量就够了，就能知道合成是否正确，基团是否会上浮。
因为单一的四极杆都是定性的，所以用两个质量分析仪加上碰撞室的三重四极杆质谱仪就不那么重要了。在定性分析方面，分已知与未知物的定性分析、已知物的定性分析、一般所知物是否包含某些东西，如肉食中是否有一种荷i尔蒙，等等，英文表达 Target Screening或 Known Screening，也叫靶向，如果有足够强大的专门的质谱数据库(即 database或 library)，再加上搜库软件辅助，就可以利用质谱信息进行定性分析。对未知事物的定性分析就是指这里面的东西，不需要任何 database或 library参考的定性分析，对完全未知物的定性分析，英文表达 Untarget Screening或 Unknown Screening，也叫非靶向。
除全扫描外，还可利用三重四极杆质谱仪、中性缺失、母i子互查找、 MRM等工作模式，中性缺失可告诉我们化合物中有哪些官能团，子找母至常用于代谢物及同类物，而母找子MS2就是刚说的 database或 library的基础。
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