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菌肥是一种活性菌，施用时必须埋于土壤中，不能撒施于地表，一般深施7～10cm。由于生物菌对作物的根系和种子不造成任何伤害，所以菌肥施用时应限度地靠近作物根系，让其与作物根系限度地接触，才能充分发挥生物菌肥的肥效。作种肥时，施于种子正下方2～3cm处；作追肥时尽量靠近根系为好；叶面喷施时，应在下午3时后进行，并喷施于叶的背面，防止紫外线。菌肥与其它肥料配合施用效果好。菌肥是一种高含菌量的生物制剂，施于土壤后需要15～20天才能发挥肥效，多数生物菌需在氮元素的作用下才能复苏，所以在施菌肥时要适量地配合少量的氮肥，一般每公顷施复合菌肥25～30kg，且根据不同情况，配合施用45～75kg尿素、75kg磷酸二铵。如与有机肥料配合施用（每公顷配施商品有机肥80kg），可加快改善土壤的理化性状，增加土壤有机质的含量，提高生物菌的活性。

微生物菌剂的肥效持续时间长，可以减少化肥的施用量，并且它本身无毒无害。大量施用化肥、，使土壤受到不同程度的污染，产生一定的毒性。生长在受污染土壤的作物，除了造成生长障碍外，其产品还会对人类带来危害。消除土壤污染是环境治理的重要事情。　盐碱地的共性是有机质含量低，土壤理化性状差，对作物生长有害的阴、阳离子多，土壤肥力低，作物不易促苗。盐碱地不易发苗，施肥总的原则是增施复合微生物肥料和生物有机肥，适当控制化肥施用。基肥要多施有机质含量高的生物有机肥，减少化肥施用量，而化肥尽量不靠近种子，以免增加土壤溶液浓度，影响发芽。追肥根据情况，避免过量。在有条件的地方，可以大量采用秸秆还田，种植耐盐碱的绿肥等办法，减少盐碱对作物的危害。

砂土地要大量增施生物有机肥，提高土壤有机质含量，改善保肥能力。由于砂土通气状况好，土性暖，有机质容易分解，施用未完全腐熟的有机肥料受影响比粘土地要小。有条件的地区可种植耐瘠薄的绿肥，以改良土壤理化性状。微生物菌剂施入土壤后，有益微生物在土壤中迅速繁殖，会产生多种对作物有益的代谢产物。这些代谢产物可刺激或调控作物生长，使作物健壮，达到增产目的。不仅给作物生长提供所需的NPK和中微量元素外，还能为作物提供有机质和有益微生物活性菌。除此之外，微生物菌剂中的一些还可以分泌一些刺维生素等以刺激作物生长，使作物健壮，营养状况得到改善

复合微生物肥料的作用机理根本不同于化学肥料。能够提供一种微生物群落的叫“单一微生物肥料”或“专一微生物菌剂（肥料）”；能够提供两种以上多种微生物群落的叫“复合微生物菌剂（肥料）”。根据微生物的作用划分，可以将微生物菌剂划分为“固氮细菌（菌剂）”、“腐解细菌（菌剂）”等。复合微生物肥料在农作物上推广应用，不仅可以提高无机肥料的有效利用率，应用试验表明用枯草芽孢、地衣芽孢、嗜热脂肪地芽孢生产的复合微生物肥料连续使用两年以上，土壤中有益数量增加4倍，固氮菌增加39倍，从而达到活化、蔬松土壤，提高土壤肥力的作用，有益微生物菌的大量繁殖，可以把多年沉积固定在土壤中的化学肥料活化后再一次供农作物吸收利用。

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