慢病毒包装
1、细胞准备:细胞传到后,密度达到70%左右时进行转染;
2、细胞转染:取两个EP管,一个加入Opti-MEM、质粒和包装质粒;另一个加入Opti-MEM、lipo2000,然后将两管混匀;
3、细胞孵育:将混合液逐滴加入细胞培养皿中,混匀后孵育;
4、收集病毒:转染后48h、72h收集含慢病毒的上清;
5、滴度检测:细胞为30%-50%时加入
fish检测
慢病毒包装
1、细胞准备:细胞传到后,密度达到70%左右时进行转染;
2、细胞转染:取两个EP管,一个加入Opti-MEM、质粒和包装质粒;另一个加入Opti-MEM、lipo2000,然后将两管混匀;
3、细胞孵育:将混合液逐滴加入细胞培养皿中,混匀后孵育;
4、收集病毒:转染后48h、72h收集含慢病毒的上清;
5、滴度检测:细胞为30%-50%时加入病毒上清液,检测阳性细胞比例。
二、操作步骤:
1. 所有在纯化系统里使用的溶液当日都需要经过 0.22μm 的滤膜抽滤、脱气处理;保存 4℃ 冰箱里的缓冲液若要在室温使用需恢复至室温后抽滤脱气;
2. 样品上柱纯化前,需先滤膜过滤,少量样品可用离心(13000rpm,10min);
3. 依次用水、缓冲液洗泵;设置流速和柱前警报压(压力值参阅层析柱及填料说明书,取较小的一个大耐受压力)。防止柱中进入气泡,影响分离效果;
4. 当柱子限压在 0.3MPa,或者在限压状态下流速很低时,pH valve 中的 Restirtor 可以切换成 Off line,即显示 By-pass 状态;
5. 当需要通过仪器上样环上样时,将 W1 阀口处换成带透明短软管的阀门,从此处阀门位通过倒吸样品上样;
6. 进样阀「Inject」为上样状态。上样结束可将进样阀切换回「Load」状态。并用纯水认真清洗上样环至少 3 次;将 W1 阀口处换回原来接头阀门。
7. 纯化结束后,用纯水清洗泵和平衡柱子;再用 20% 的乙醇清洗泵以及系统。长期不用,层析柱应保存在 20% 的乙醇中,泵放置在 20% 乙醇中;
8. 实验结束后及时倾倒废液瓶里的废液;
9.如何计算引物的Tm值?
答:引物设计软件都可以给出Tm,与引物长度、碱基组成、引物使用缓冲的离子强度有关。
长度为25mer以下的引物,Tm计算公式为:
Tm = 4℃ (G + C)+ 2℃ (A + T)
对于更长的寡聚核苷酸,Tm计算公式为:
Tm = 81.5 + 16.6 x Log10[Na+] + 0.41 (%GC) - 600/size
公式中,Size = 引物长度。
Tm的定义:Tm = Temperature at which 50% of a given oligonucleotide is hybridized to its complementary strand. In the absence of destabilizing agents, like formamide or urea, Tm will depend on 3 major parameters: The sequence: a GC-rich sequence has a higher melting temperature. The strand concentration: high oligonucleotide concentrati favor hybrid formation, which results in a higher melting temperature. The salt concentration: high ionic strength results in a higher Tm as cati stabilize the DNA duplexes.
15.测序发现引物有突变是怎么回事?
答:测序发现引物区域有突变,特别是40个碱基以下的引物, 发生的概率不大,但是肯定也会发生。用户一般可以放心,引物序列一般都是通过电脑直接将您的序列COPY到合成仪的,碱基输错的机会不多。12000r/min于4C离心5min,小心弃上清和管壁的液珠,真空干燥沉淀10~15min。核酸合成公司一般会有一套控制办法,预防碱基输入错误。发生这种突变的原因有很多解释,人们还没有办法解决这个问题。引物合成的固相合成原理都一样,采用的机器也基本相同,合成主要原料都是由可数的几家跨国公司提供的,所有每个合成服务商遇到的问题也基本类似,没有人可以超脱。
引物合成是一种多步骤的化学反应,合成也就是99%,副产品不可以避免。引物序列中插入突变往往是碱基重复,一般认为,偶连过程中,正在偶连的部分单体发生丢失DMT,导致单体又接了上去,故发生插入同一碱基的突变。至于缺失突变,一般认为是一般认为是带帽(capping)反应不造成的,Caping反应主要是封闭数5′-羟基没有参加反应单体。被封闭的引物,在下一轮偶连时将不能继续参与合成。当检测如转录调控因子一类的DNA结合蛋白,可用纯化蛋白,部分纯化蛋白,或核细胞抽提液。对于碱基置换的突变,产生的原因一般认为是碱基不能脱保护,即引物上可能含有残留保护基团,引物的这些区域不能很好地与互补链配对,当扩增的产品被亚转化到大肠中,可能被细菌中修复系统补上了非配对的碱基。置换突变通常发生在G 转换成其它碱基。碱基G在一定条件下可以转化为烯醇异构体 (脱呤),2,6 diaminopurine , DNA和扩增过程中DNA聚合酶将2,6 diaminopurine看作碱基A,测序就会发现碱基G-A置换。脱呤现象在富含呤的引物中发生的频率较高。脱呤的引物在引物后处理脱保护阶段如果被降解,测序就会发现碱基G或A的缺失。
引物合成过程中,造成碱基插入,缺失,置换突变的因素客观存在,有不少降低发生的频率建议和措施,但是这些措施还停留在实验室阶段,还没有能够应用到规模化生产中。

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