慢病毒包装
1、细胞准备:细胞传到后,密度达到70%左右时进行转染;
2、细胞转染:取两个EP管,一个加入Opti-MEM、质粒和包装质粒;另一个加入Opti-MEM、lipo2000,然后将两管混匀;
3、细胞孵育:将混合液逐滴加入细胞培养皿中,混匀后孵育;
4、收集病毒:转染后48h、72h收集含慢病毒的上清;
5、滴度检测:细胞为30%-50%时加入
pcr引物设计
慢病毒包装
1、细胞准备:细胞传到后,密度达到70%左右时进行转染;
2、细胞转染:取两个EP管,一个加入Opti-MEM、质粒和包装质粒;另一个加入Opti-MEM、lipo2000,然后将两管混匀;
3、细胞孵育:将混合液逐滴加入细胞培养皿中,混匀后孵育;
4、收集病毒:转染后48h、72h收集含慢病毒的上清;
5、滴度检测:细胞为30%-50%时加入病毒上清液,检测阳性细胞比例。
RNA提取
1.弃去培养液,用PBS清洗两次1-2。
2.弃去PBS,用1000u1吸干净残余PBS。
3.加1ml TRIZOL研磨B 41。
4. 1.5mIEP管标号与每孔相对应备用。
5.研磨好的溶液转移至对应的 EP管。
6.往每个EP管中加入250ul,剧烈震荡30s, 冰上静置12min[问l。
7. 所有样品4C离心,转速: 13500转1分钟,时间: 15min.
8. 再次标记一批同样编号EP管。
9.离心后吸上清液400u1移入相应编号的EP管中,再加入400ul异充
分混匀。4C冰箱35min。
10. 4C离心,转速: 13500转1分钟,时间: 10min.
11.弃去.上清液,加1m175%乙醇,轻摇7]。
12. 4C离心,10600转/分钟,时间: 5min.
13. 弃上清液滤纸吸干。
14. 加DEPC水10ul溶解,-80C保存。进行逆转录前测浓度。
组织RNA提取
1、剪米粒大小组织块放入EP管中标号。
2、EP管中加300ul trizol浸泡30分钟或更久。
3、用研磨棒研磨,以肉眼很难看到组织为宜。
4、加700u1 trizol静 置5分钟。
STR检测
短串联重复(Short tandem repeats, STR),又称微wei星DNA(Microsatellite DNA)或简单重复序列(Simple repeat sequence, SRS或SSR),是广泛存在于原核生物和真核生物基因组中的核苷酸重复序列。有丝分裂过程中DNA链之间的错配引起的fu制滑动被认为是导致STR产生的较为常见原因,并且依据不同fu制单元大小的不同以及不同物种之间,fu制滑动发生的概率也不相同。其基础是在强电场下不同分子的由于其所带电荷,大小,结构以及疏水性等不同而相互分开。
STR是以序列 (core repeat units) 首尾相连多次重复形成。每个STR的序列结构相同,长度为2-6bp,但其重复单位数目和重复区域的长度不同,因此STR在不同种族、不同人群之间的分布具有差异性,构成了STR遗传多态性。不同个体之间在一个同源STR位点的重复次数也不同,因而同指纹识别一样,STR位点分析也可对个体进行身份识别。通过识别个体基因组在特定位点的特定序列重复,即可创建其基因档案。基于此,STR分析法已经成为一种重要的鉴定分析方法,应用于法医学、qin子鉴定及细胞鉴定等领域。在逆转录酶的作用下,以病毒RNA为模板合成cDNA再通过DNA、转录、翻译等过程形成病毒颗粒。
20.Primer设计的基本原则是什么?
答:引物设计的下列原则供您参考。
◆引物长度一般在18-35mer。
◆G-C含量控制在40-60%左右。
◆避免近3'端有酶切位点或发夹结构。
◆如果可能避免在3'端5个碱基有2个以上的G或C。
◆如果可能避免在3'端1个碱基为A。
◆避免连续相同碱基的出现,特别是要避免GGGG或更多G出现。
◆退火温度Tm控制在 58-60C 左右。
◆如果是设计点突变引物,突变点应尽可能在引物的中间。
21.为什么引物的OD260/OD280小于1.5 ?
答:引物应该全是DNA,但是OD260/OD280的比值为什么那么低,怎么会有蛋白质污染?引物化学合成,哪里有机会污染到蛋白质?此外,Illumina还捕获了未翻译的区域,这是NimbleGen和安捷伦平台无法靶定的。需要指出的是OD260/OD280的比值不能用来衡量引物的纯度。OD260/OD280的比值过低一般是由于引物中C/T 的含量比较高所致。下表是一个20mer 同聚体引物的OD260/OD280的比值,清楚表明OD260/OD280的比值与引物的碱基组成密切相关。
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