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生物有机肥相比生物菌肥的优势生物有机肥价格便宜，每吨在1000多元左右；生物菌肥价格昂贵，每吨上万元。生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有的
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生物有机肥相比生物菌肥的优势生物有机肥价格便宜，每吨在1000多元左右；生物菌肥价格昂贵，每吨上万元。生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤环境
微生物肥料包括复合微生物肥料和生物有机肥。复合微生物肥料是指目标微生物经过工业化生产繁殖后，与养分复合的活菌产品；生物有机肥是指以主要动植物残余物(如畜禽粪便、作物秸秆等)为原料，经工业生产使目标微生物增殖，经无害化处理后制成的活菌产品。菌剂与肥料区别在于产品中营养成分和有机物的含量。在使用中，应根据实际需要选择合适的产品。
注意土壤见干见湿的土壤湿度Z为适宜，根据土壤情况施用菌肥，土壤酸碱度也要注意，微生物菌肥当中的部分微生物菌，比如根瘤菌和固氮菌，土壤呈中性和微碱性都可以。微生物菌肥具有降解和转化土壤中有毒物质的能力。这种生物修复是土壤修复的各种措施中经济有效的措施。生长期时每亩用量5L冲施或者稀释300-400倍液态菌肥液，浇灌根系或者是定植穴，也可根据植物的大小长势，每棵浇灌或淋湿500ml. 结果期每亩用量5L冲施或稀释200-300倍液，浇灌根系，且将液态菌肥与其它的化肥交替使用. 雨雪冷空气来临3-7天前，每亩用量5L冲施或根灌，防冻效果显着.
一般讲的微生物肥料，实际上是一种菌剂，是一类微生物人群。这类微生物菌剂可以给予一种或各种对农作物生长发育有利的微生物群落。因为农牧业上运用的微生物菌剂经常和草炭土、泥炭土、有机肥等有机物成分较高的栽培基质混和在一起，因此习惯性上把微生物菌剂称之为微生物肥料，大家别名为“菌肥”。以解钾细菌为主的微生物肥料主要作用是，通过细菌的活动，分解土壤中部分不能被作物吸收的钾元素，使钾从土壤中分解出来，供作物生长时吸收利用——即“解钾”作用。同时，微生物在土壤中的生活、活动，可产生很多代谢产物或分泌物，这些分泌物对作物的生长有刺激作用。
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