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菌肥是一种活性菌，施用时必须埋于土壤中，不能撒施于地表，一般深施7～10cm。由于生物菌对作物的根系和种子不造成任何伤害，所以菌肥施用时应限度地靠近作物根系，让其与作物根系限度地接触，才能充分发挥生物菌肥的肥效。作种肥时，施于种子正下方2～3cm处；作追肥时尽量靠近根系为好；叶面喷施时，应在下午3时后进行，并喷施于叶的背面，防止紫外线。菌肥与其它肥料配合施用效果好。菌肥是一种高含菌量的生物制剂，施于土壤后需要15～20天才能发挥肥效，多数生物菌需在氮元素的作用下才能复苏，所以在施菌肥时要适量地配合少量的氮肥，一般每公顷施复合菌肥25～30kg，且根据不同情况，配合施用45～75kg尿素、75kg磷酸二铵。如与有机肥料配合施用（每公顷配施商品有机肥80kg），可加快改善土壤的理化性状，增加土壤有机质的含量，提高生物菌的活性。

生物有机肥可以提高土壤肥力，土壤有机质是衡量土壤肥力水平的主要指标之一，是土壤肥力的物质基础，是土壤有机质的补充和更新的物质来源。在施用生物有机肥料时，不断补充消耗的有机肥料。仅化学肥料就能在几年内破坏和硬化土壤结构。土壤有机质含量应不断增加。大部分地区的土壤有机质含量相对较低。除东北黑土区外，土壤有机质含量较高，达5％-5％。例如，华北和西北地区的土壤有机质含量大多1％。华中和华南稻田的土壤有机质含量略高，达5％-5％。此外，几乎没有干旱地区能达到2％以上，其中耕地的有机物含量0.5％，占现有耕地的6％。

近年来，大量使用化肥，其利用率不断下降，在农业生产中，仅通过大量施用化肥来提高作物产量是有限的，更不用说污染环境等一系列问题了，微生物菌肥在提高化肥利用率、达到平衡施肥、合理施肥、克服其弊端的途径上起着的作用，根据我国作物种类和土壤条件，微生物菌肥与化肥的结合不仅可以保证增产，还可以减少化肥的使用，降低成本，改善土壤和作物质量，减少污染。

微生物菌肥在增加作物产量方面效果明显，同时对环境污染影响小，因此微生物菌肥是绿色可持续发展的大环境下比较合适的作物生长肥料。近两年来，微生物菌剂已经非常流行了，很多人会到农资店去问微生物菌剂，只要店家有，就会买，那为什么微生物菌剂这么火，而且受到广大种植者的喜爱。

微生物菌肥含有大量有益微生物，能分解有机残体，形成土壤腐殖质，改善土壤结构和理化性状，可将植物不能吸收的物质转化为有效养分，供植物吸收利用。肥料进入土壤后，微生物在有机质、无机营养元素、水分、温度的协助下大量繁殖，减少了有害微生物群体的生存空间，生物菌可诱导植物的过氧化物酶、多酚氧化酶、葡聚糖酶等参与植物对有害微生物的防御反应。施用复合微生物肥料，作物生长健壮，增强作物的抗病能力，从而增加了土壤有益微生物菌的数量，微生物菌产生大量的有机酸可以把多年沉积在土壤中的磷钾元素部分溶解释放出来供作物再次吸收利用，长期使用后土壤将会变得越来越疏松和肥沃。

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