PCR出现假阴性
不出现扩增条带。PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备，②引物的质量与特异性，③酶的质量及Br乙锭的使用， ④PCR循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。
模板：①模板中含有杂蛋白质，②模板中含有Taq酶抑制1剂，③模板中蛋白质没有消化除净，特别是染色体中的组蛋白，④在提取制备模板时丢失过多，或吸入酚。⑤模板核酸变性不。在酶和引物质量
防污染探针法定量
PCR出现假阴性
不出现扩增条带。PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备，②引物的质量与特异性，③酶的质量及Br乙锭的使用， ④PCR循环条件。寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。
模板：①模板中含有杂蛋白质，②模板中含有Taq酶抑制1剂，③模板中蛋白质没有消化除净，特别是染色体中的组蛋白，④在提取制备模板时丢失过多，或吸入酚。⑤模板核酸变性不。在酶和引物质量好时，不出现扩增带，极有可能是标本的消化处理，模板核酸提取过程出了毛病，因而要配制有效而稳定的消化处理液，其程序亦应 固定不宜随意更改。
等位基因特异性PCR(Allele- specificPCR. ASPCR技术
ASPCR依赖于引物3”-端的一个碱基错配,不仅减少多聚酶的延伸效率,而且降低引物-模板复合
物的热稳定性。这样有点突变的模板进行PCR扩增后检测不到扩增产物.可用于检测基因点突变。
单链构型多态性PCR(single- strandconformational polymorphism PCR, SSCPPCR)技术
SSCP- PCR是根据形成不同构象的等长DNA单链在中性聚丙1烯酰胺凝胶中的电泳迁移率变化来
检测基因变异。在不含变性剂的中性聚丙1烯酰胺凝胶中,单链DNA迁移率除与DNA长度有关外,更主要取决于DNA单链所形成的空间构象。相同长度的单链DNA因其顺序不同或单个碱基差异所形成的构象就会不同，PCR产物经变性后进行单链DNA凝胶电泳时，每条单链处于一定的位置.靶DNA中若发生碱基缺失、插入或单个碱基置换时.就会出现泳动变位。从而提示该片段有基因变异存在。
复合PCR(multiplex PCR)技术
在同一反应中用多组引物同时扩增几种基因片段.如果基因的某一区段有缺失则相应的电泳谱
上这一区带就会消失。复合PCR主要用于同一病原体的分型及同时检测多种病原体、多个点突变的分子病的诊断。
重组PCR技术
重组PCR技术是在两个PCR扩增体系中,两对引物分别由其中之一在其5°-端和3-端引物上带.上
一段互补的序列混合两种PCR扩增产物.经变性和复性。两组PCR产物互补序列发生粘连。其中一条重组杂合链能在PCR条件下发生聚合延伸反应，产生一个包含两个不同基因的杂合基因。
污染原因：
1、标本间交叉污染：标本污染主要有收集标本的容器被污染，或标本放置时，由于密封不严溢于容器外，或容器外粘有标本而造成相互间交叉污染；标本核酸模板在提取过程中，由于吸样污染导致标本间污染；有些微生物标本尤其是病毒可随气溶胶或形成气溶胶而扩散，导致彼此间的污染。
2、PCR试剂的污染：主要是由于在PCR试剂配制过程中，由于加样、容器、双蒸水及其它溶液被PCR核酸模板污染。
3、PCR扩增产物污染：这是PCR反应中主要常见的污染问题。因为PCR产物拷贝量大（一般为1013拷贝/ml），远远高于PCR检测数个拷贝的极限，所以极微量的PCR产物污染，就可形成假阳性。还有一种容易忽视，可能造成PCR产物污染的形式是气溶胶污染。在空气与液体面摩擦时就可形成气溶胶，在操作时比较剧烈地摇动反应管，开盖时、吸样时及污染进样的反复吸样都可形成气溶胶而污染。据计算一个气溶胶颗粒可含48000拷贝，因而由其造成的污染是一个值得特别重视的问题。
4、实验室中质粒的污染：在分子生物学实验室及某些用质粒做阳性对照的检验室，这个问题也比较常见。因为质粒在单位容积内含量相当高，另外在纯化过程中需用较多的用具及试剂，而且在内的质粒，由于的生长繁殖的简便性及具有很强的生命力。其污染可能性也很大。
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