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按同样的方法，在上面再铺二层。每一堆肥料铺3-5层后，上面盖好塑料薄膜发酵。当肥料堆内温度升到45℃～50℃时翻动一次。一般要翻动3～4次才能完成。完成后，一般肥料中长有许多白色的霉毛，并有一种特别的香味，这时就可以施用。一般夏天要7～15天才能处理好，春天要15~25天，冬天则更长。肥料中水分过多会使堆肥失败，产生恶臭味
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按同样的方法，在上面再铺二层。每一堆肥料铺3-5层后，上面盖好塑料薄膜发酵。当肥料堆内温度升到45℃～50℃时翻动一次。一般要翻动3～4次才能完成。完成后，一般肥料中长有许多白色的霉毛，并有一种特别的香味，这时就可以施用。一般夏天要7～15天才能处理好，春天要15~25天，冬天则更长。肥料中水分过多会使堆肥失败，产生恶臭味。各地要根据具体条件，反复试验、摸索才行。
消毒房内装有脱臭塔除臭，臭气通过塔内排出。然后将脱臭和消毒的粪便，配上必要的天然矿物，如磷矿粉、白云石和云母粉等，进行造粒，再烘干，即成有机肥料。其工艺流程如下：粪便集中～脱水～消毒～除臭～配方搅拌～造粒～烘干～过筛～包装～入库。总之，通过有机肥的无害化处理，可以达到降解有机污染物和生物污染的目的。
20世纪20年代，又有一些新的微生物制剂用于大田土壤和农作物，但效果不甚理想。20世纪40年代，美国颁发了生物杀虫剂许可证，至今已有20多种不同的微生物产品为这一目的而使用。
1937年，苏联微生物学家克拉西尼科夫和密苏斯金研制了“固氮菌剂”。从而了细菌肥料的先河，由于种种原因，这种微生物肥料都先后停止了大规模生产。1940年前后，亚洲研制了一种以蓝细菌（藻类）为主而用于稻田的生物肥料。现在其在持续农业中仍然发挥着巨大的作用。
但是使用有机肥料也有存在养分含量低，不易分解，不能及时满足作物高产的要求。传统的有机肥的积制和使用也很不方便。人畜禽粪便、垃圾等有机废物又是一类脏、烂、臭物质，其中含有许多病原微生物，或混入某些毒物，是重要的污染源，尤其值得注意的是，随着现代畜牧业的发展，饲料添加剂应用越来越广泛，饲料添加剂往往含有一定量的重金属，这些重金属随畜粪便排出，会严重污染环境，影响人的身体健康。
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