质量分析器：在离子源中产生的不同动能的正离子，在中加速，增加能量后在质量分析器将带电离子根据其质荷比加以分离。质谱分析仪是按照离子的质荷比(m/z)不同，分离不同分子量的分子，测定分子量并进行成分和结构分析的一种精密、的仪器。无机质谱仪适用范围包括元素周期表中绝大多数元素，分析速度快，便于进行固体分析；电感耦合等离子体质谱，谱线简单易认，灵敏度与测量精度很高。
传输离子时，简单来
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质量分析器：在离子源中产生的不同动能的正离子，在中加速，增加能量后在质量分析器将带电离子根据其质荷比加以分离。质谱分析仪是按照离子的质荷比(m/z)不同，分离不同分子量的分子，测定分子量并进行成分和结构分析的一种精密、的仪器。无机质谱仪适用范围包括元素周期表中绝大多数元素，分析速度快，便于进行固体分析；电感耦合等离子体质谱，谱线简单易认，灵敏度与测量精度很高。
传输离子时，简单来说可以认为传输效率与被传输离子的量无关；（严格地说，被传输的离子太多时，相同电荷的互相排斥会造成离子束的“体积”变大，导致传输效率下降。这种影响在空间有限的离子阱中表现得更加明显，因此在离子阱质谱中一个重要的技术就是适当控制进入仪器的离子数量，使其既不太少也不太多。）检测离子时，不论是使用光电倍增管的检测器，还是检测镜像电流的检测器（ICR/Oribtrap），其信号强度（在一定范围内）均与离子数量大致线性相关。
常用的定量方法有两种，外标法与内标法。外标法用已知量的标准样品A和未知量的待测样品A分别进行实验；我们会得到以下三个信息：标准样品的量（已知）；标准样品的信号强度；待测样品的信号强度。（假设样品的响应=常数*浓度，从这三个信息即可算出待测样品的量。）为了更加地测定未知量的样品，我们希望标准样品的信号强度与待测样品的信号强度尽量接近（以减少非线性响应的影响）。因此常用的外标法会测量一系列已知量的标准样品，绘制一条工作曲线，再用拟合的方法确定未知样的量。
质谱根据离子化方法分类：基质辅助激光解析电离（MALDI，激光照样品与基质形成的共结晶薄膜，基质从激光吸收能量传给生物大分子，电离生物分子将质子转到生物分子或从生物分子得到质子.TOF原理是离子在电场作用下加速飞过飞行管道，根据到达检测器的飞行时间不同而被检测，质核比与其飞行时间成正比。作图时浓度为纵坐标质核比为横坐标。用胰蛋白酶处理时主切Lys和Arg，Arg灵敏）、电喷雾电离（ESI, 使大质量有机分子离子化，有小分子带电残基机制和大电子离子蒸发机制。
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