DNA测序检测
1. PCR测序反应
(1)取0.2ml的PCR管，用记号笔编号，将管插在颗粒冰中，按下表加试剂:
所加试剂测定模板管标准对照管
BigDye Mix
1μl
待测的质粒DNA
1μ 1
pGEM-3Zf (+)双链DNA
-1μ1
待测DNA的正向引物
M13(-21)引物- 1μ 1
灭
PCR
DNA测序检测
1. PCR测序反应
(1)取0.2ml的PCR管，用记号笔编号，将管插在颗粒冰中，按下表加试剂:
所加试剂测定模板管标准对照管
BigDye Mix
1μl
待测的质粒DNA
1μ 1
pGEM-3Zf (+)双链DNA
-1μ1
待测DNA的正向引物
M13(-21)引物- 1μ 1
灭菌去离子水
2μ 1
总反应体积5μ 1,不加轻矿物油或石蜡油，盖紧PCR管，用手指弹管混匀，稍离心。
(2)将PCR管置于9600或2400型PCR仪.上进行扩增。98C变性2min后进行PCR循环，
PCR循环参数为96C 10s， 50C 5s， 60°C4min， 25 个循环，扩增结束后设置4C保温。
2.乙醇法纯化PCR产物
(1) 将混合物离心，将扩增产物转移到1.5ml EP管中。
(2)加入25μ 1/乙醇混合液，充分振荡，置冰上10min以沉淀DNA。12 000r/min于
4C离心30 min,小心弃上清。
(3)加70%(V/V)的乙醇50μ 1 洗涤沉淀2次。12 000r/min 于4C离心5min,小心弃上清和
管壁的液珠，真空干燥沉淀10~ 15min。
3.电泳前测序PCR产物的处理。
(1)加入12μ 1的TSR于离心管中，剧烈振荡，让其充分溶解DNA沉淀，稍离心。
(2)将溶液转移至盖体分离的0.2ml PCR管中，稍离心。
(3)在PCR仪上进行热变性(95C 2min),冰中骤冷，待_上机。
4..上机操作按仪器操作说明书安装毛细管，进行毛细管位置的校正，人工手动灌胶和建立
运行的测序顺序文件。
5.仪器将自动进行序列分析，并可根据用户要求进行序列比较。如测序序列已知，可通过
序列比较以星号标出差异碱基处，提高工作效率。
6.测序完毕按仪器操作规程进行仪器清洗与保养。
单细胞测序（英语：Single cell sequencing）采取优化的下一代DNA测序技术（NGS）检测单细胞的序列，可以获得特定微环境下的细胞序列差异以方便研究其功能差异等。对个体细胞的DNA测序可以帮助我们了解例如在中的小范围细胞的变异；对其进行RNA测序可以帮助我们了解和鉴别不同的细胞类型与其表现的基因，对研究发育生物学等有较大裨益。2、细胞转染:取两个EP管，一个加入Opti-MEM、核心质粒和包装质粒。
分离单细胞
在全基因组扩增和测序前，有很多方法可以分离细胞个体，其中流式细胞术（FACS）较为常用。个体细胞可以用显微操作来收集，这样较为快捷而且成本较低，但是比较有技术难度，而且显微镜下对细胞的错误分类容易影响实验结果。激光捕获显微切割技术（LCM）亦可以用来收集单细胞。其基础是在强电场下不同分子的由于其所带电荷，大小，结构以及疏水性等不同而相互分开。但是尽管激光捕获显微切割可以保留样本细胞在组织中的空间位置，但是捕获单细胞的时候容易连带周围细胞的物质。高通量的细胞个体分离还可以使用微流控技术。微流控技术和流式细胞技术都能准确而自动地分离无偏样本。但是，两种方法都要求首先将细胞从其为环境中脱离，因此可能在RNA表达分析中造成对转录数据的干扰。
3.引物的OD数如何定量？
答：引物合成引物OD数是这样测定的：用紫外分光光度计，波长260nm，石英比色杯，光程为1厘米，测定溶液的光密度。测定时溶液的光密度好稀释到0.2-1.0之间。目前的研究已证实，lncRNA参与X染色体沉默，基因组印记以及染色质修饰，转录ji活，转录干扰，核内运输等多种重要调控过程。DNA干粉用一定体积的水充分振荡溶解以后，用1ml水稀释测OD值。需要根据稀释倍数换算出母液的OD值。
4.需要什么级别的引物？
答：引物常用的纯化方式脱盐、BioRP / OPC纯化、PAGE纯化、HPLC纯化。根据实验需要，确定订购引物的纯度级别。
18.引物是经过PAGE纯化的，为什么还有碱基缺失或插入？
答：理论上分析型PAGE变性电泳，可以区分引物之间一个碱基的差别。但是制备PAGE电泳，上样量都是非常大，电泳时的条带非常宽，带与带之间有重叠，分辨率已下降，电泳后割带回收目的引物时，很难说不割到差别仅几个碱基的引物。逆转录病毒载体主要优点：转染范围广，可以各种细胞类型，转入的外源基因可完全融合，对细胞率高，细胞不产生病变，可建立细胞系长期持续表达外源基因。国内有一个不好的现象，PAGE纯化的引物，特别是长引物要的量都比较高，导致割的条带有时可能比较宽。建议：您如果减少OD数，引物遇到的问题可能就会少一些。
19. TaqMan 探针设计的基本原则是什么？
答：下列原则供您参考。
◆TaqMan 探针位置尽可能靠近扩增引物（扩增产物50-150bp），但不能与引物重叠。
◆长度一般为18-40mer 。
◆G-C含量控制在40-80%左右。
◆避免连续相同碱基的出现，特别是要避免GGGG或更多G出现。
◆在引物的5'端避免使用G。
◆选用比较多的碱基C。
◆退火温度Tm控制在 68-70C 左右。
有用的荧光染料参数
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