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pcr实验室来电咨询「在线咨询」

转录组重测序 转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和。这一新产品将可捕获64M的基因组序列,包括外显子以及miRNA,它含与其他NimbleGen液相捕获产品相同的2。转录组研究是基因功能及基因结构等研究的基础,通过新一代高通量测序,能够的获得某一物种特定组织或在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛
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转录组重测序

转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和。这一新产品将可捕获64M的基因组序列,包括外显子以及miRNA,它含与其他NimbleGen液相捕获产品相同的2。转录组研究是基因功能及基因结构等研究的基础,通过新一代高通量测序,能够的获得某一物种特定组织或在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛应用于临床诊断、基础研究和研发等领域。

转录组Resequencing针对的是有参考基因组的物种。用新一代高通量测序技术对某物种的特定组织或细胞进行转录组测序,与参考基因组比较,可以得到基因表达差异、可变剪接、融合基因等遗传调控信息。









单细胞RNA测序

单细胞RNA测序也称scRNA-Seq。染色质免l疫共沉淀技术(ChIP)基于体内分析而发展的染色质免l疫沉淀分析Chromatinimmunoprecipitationassaykit,ChIP)技术可以真实、完整地反映结合在DNA序列上的调控蛋白。通常而言,一般的组织细胞RNA-seq实验会产生1000万个读数,如果一个基因的频率超过50RPKM,即每百万读数中每千个碱基中超过50个,这一基因即被认为有表达。泊松分布下,1kb长的基因有超过500个读数和4%的小变异系数,即CV值;哺乳动物细胞通产含有200,000个mRNA,因此至少要用50个单细胞一起才能到达小CV值;考虑到逆转录的效率和环境干扰等因素,为得到准确的表达和细胞种类的识别,需要使用的细胞数量实际要更多。








16.长链引物为什么出错的几率非常高?

答:引物合成时,每一步反应效率都不能达到,产生碱基插入、缺失、置换突变的因素客观条件都有一直存在。目前定量蛋白质组学技术主要分为标记(label)策略和非标记的(labelfree)定量策略,其中标记策略又分为体内标记(如SILAC、15N标记),以及体外标记(如iTRAQ、TMT标记)。引物链越长,突变的频率累加起来就越高。研究人员总希望合成的引物万无一失,这种心情可以理解。但是犹如PCR扩增,不可能保证扩增产物中没有突变,引物合成也不可能保证正确。要知道,引物合成中发生错误(非人为因素)的频率,比任何高保真高温聚合酶PCR扩增过程所产生的频率都要高。做引物合成,长链引物合成,您要有引物中部分引物可能有突变的思想准备。




17.如果测序发现突变,该如何处理?

答:遇到这种情况,首先和核酸合成厂家取得联系,生产人员会检查生产的原始记录,主要是核对合成序列是否和定单一致,他们在电脑中一般会保留所有原始数据。在确认引物合成序列没有输错的情况下,建议重新挑取测序,可能会找到正确的。随后设计BSP引物进行PCR,在扩增过程中尿嘧定全部转化为胸腺嘧定,zui后对PCR产物进行测序就可以判断CpG位点是否发生jia基化,称为BSP-直接测序法。根据经验,40个碱基以下的引物,测1-2个就可以了;40个以上的特别是用于全片段拼接合成的,就需要多测一些了。一般情况下,每个突变的位点都不一样,提示正确的总是有的,就是如何找到它。也可以要求公司将引物免费重合一次,不过重合的引物和次的引物一样,都可能含突变,不会因为重合的引物就减少您的遇到问题的几率。基因拼接过程中,如果发现一段区域突变点不多,就多测几个,否则就重合一下引物。













22.同样的OD用PAGE检测,EB染色为什么深浅不一?

答:通常可以用EB染色的方法来判断双链DNA的量(如质粒DNA),因为EB可以嵌合到双链DNA中。这些方法究竟孰优孰劣,斯坦福大学医学院遗传学系的研究人员对市场上三个主流的外显子组测序平台进行了比较。而合成的单链DNA,由于碱基组成不同,形成二级结构的可能性不同,EB的染色程度也会有差异,比如Oligo(dT)等不形成二级结构,EB染色效果就非常差。所以不要用EB染色的方法来定量,而用紫外分光光度计检测。同样道理,用EB染色来照片不适合所有引物。

23.引物不纯会有什么后果?

答:引物不纯可能会导致:1)非特异性扩增;2)无法用预先设计在引物5′端酶切位点的酶切开,特别是没有保护碱基的引物;3) 用于测序出现双峰或乱峰。解决办法重新合成或重新纯化。

24.已经溶解的引物,为什么原先使用正常,而过一段时间再使用就不好了?

答:如果溶解引物的水PH过低或污染了菌或核酸酶,会使引物降解。1QPCRbuffer5μldNTPmix(2mM)4μl引物1(10pM)μl2引物2(10pM)2μlTaq酶(2U/ul)1μlDNA模板(50ng-1μg/μl)1μl加ddH2O至μl50视PCR仪有无热盖,不加或添加石蜡油。使用时没有充分解冻混合,液体不均匀也可能会造成引物加入量不准确。建议分装引物,避免反复冻溶。建议使用10mMT ris pH7.5缓冲液溶解引物,因为有些蒸馏水的pH值比较低(pH4-5), 引物在这种条件下不稳定。还有一种可能性是引物没有问题,而是PCR使用材料特别是模板的质量与先前使用的不完全一致。









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