外显子测序
外显子组测序(exome-seq)是对定向富集的基因组DNA进行高通量测序,它能够以相对低的费用对人类外显子组进行拷问。2009年,外显子组捕获工具的出现,让外显子组测序这种技术迅速红起来。到目前为止,已有超过1万个外显子组被测序。
如今有多家公司推出了外显子组捕获试剂,包括罗氏NimbleGen、安捷伦、Illumina,还有现在的华大基因。这些方法究
荧光定量pcr
外显子测序
外显子组测序(exome-seq)是对定向富集的基因组DNA进行高通量测序,它能够以相对低的费用对人类外显子组进行拷问。2009年,外显子组捕获工具的出现,让外显子组测序这种技术迅速红起来。到目前为止,已有超过1万个外显子组被测序。
如今有多家公司推出了外显子组捕获试剂,包括罗氏NimbleGen、安捷伦、Illumina,还有现在的华大基因。这些方法究竟孰优孰劣,斯坦福大学医学院遗传学系的研究人员对市场上三个主流的外显子组测序平台进行了比较。该研究结果发表在《Nature Biotechnology》上。研究人员利用安捷伦、Illumina和NimbleGen的外显子组测序平台对同一个人类血液样品进行分析。不同个体之间在一个同源STR位点的重复次数也不同,因而同指纹识别一样,STR位点分析也可对个体进行身份识别。他们的结 果表明,NimbleGen平台作为一个使用高密度重叠探针的平台,尽管覆盖了较少的基因组区域,但在灵敏检测小的变异时所需的测序量也少。在同样获得80M测序数据的情况下,NimbleGen有97%的目标序列达到10x以上的测序深度,而其他产品只有90%。而安捷伦和Illumina的探针能够在低密度下捕获更多数量的变异。此外,Illumina还捕获了未翻译的区域,这是NimbleGen和安捷伦平台无法靶定的。研究人员还比较了同一样品的外显子组测序和全基因组测序(WGS),显示外显子组测序能够检测到WGS错过的小变异。
除了文中提到了三个主流平台,外显子组捕获方面的新产品也在不断推出,研究人员的选择也将更广泛。罗氏NimbleGen即将推出新一代的外显子液相捕获产品。数据分析:提供lncRNA和mRNA表达谱差异分析和功能分析,以及二者的关联分析。这一新产品将可捕获64M的基因组序列,包括外显子以及miRNA,它含与其他NimbleGen液相捕获产品相同的2.1M高密度探针,以高xiao、均一、特异、的定向捕获。
蛋白质的分离纯化在生物化学研究应用中使用广泛,是一项重要的操作技术。 一个典型的真核细胞可以包含数以千计的不同蛋白质,一些含量十分丰富,一些仅含有几个拷贝。为了研究某一个蛋白质,必须首先将该蛋白质从其他蛋白质和非蛋白质分子中纯化出来。
一、主要方法
1. 蛋白质的选择吸附分离(利用颗粒不同程度的颗粒吸附力来使分离的目的达到)。
2. 按照配体特性的分离-亲和层析(利用蛋白质分子与另一种称为配体的分子能够特异结合这一生物性质)。
3. 低温沉淀法,使用如,乙醇等与水可混溶的,降低多数蛋白质的溶解度并且将其析出,和盐析相比较,这种方法的分辨率更加的高,然而蛋白质比较容易变形,需要在低温下进行。
4. 按照分子大小不一样的方法,密度梯度离心(在介质中对蛋白质离心时,蛋白质沉降速度取决于它的质量和密度,质量和密度越大,那么沉降越快;凝胶过滤(一种柱层析);超过滤(利用蛋白质分子不能从半透膜通过的性质)。
5. 按照溶解度差异分离,等电点沉淀法盐溶与盐析(使用一定浓度盐溶液来使蛋白质的溶解度增大或减小);(因为在等电点时蛋白质分子的净电荷为 0,使分子间静电斥力减少了,所以,聚集沉淀比较容易,这时具有小的溶解度)。
6. 按照电荷不同的分离方法。主要分为离子交换层析和电泳分离。
7.如何检测引物的纯度?
答:实验室方便的作法是用PAGE方法。使用加有7M尿素的16%的聚酰胺凝胶进行电泳。取0.2-0.5OD的引物,用尿素饱和液溶解或引物溶液中加入尿素干粉直到饱和,上样前加热变性(95℃,2mins)。PCR的电泳检测:如在反应管中加有石蜡油,需用100ul进行抽提反应混合液,以除去石蜡油。加入尿素的目的一是变性,二是增加样品比重,容易加样。600V电压进行电泳,一定时间后(约2-3小时),剥胶,用荧光TLC板在紫外灯下检测带型,在主带之下没有杂带,说明纯度是好的。如果条件许可,也可以用EB 染色或银染方式染色。
而有的厂家提供Maldi-TOF质谱QC质量控制,从而保障了合成的准确率:
Bioneer使用多重Maldi-TOF质谱仪进行全自动装载及监测。 每份样品的质谱分析数据将自动插入到寡核苷酸的信息单中。宿主细胞不能像包装细胞那样为缺失结构基因的逆转录病毒提供结构蛋白,因而在宿主细胞内不会产生新的毒颗粒,保证了该载体在生物制品领域的生物安全性问题。Bioneer是世界上仅有的几个对生产的每份核苷酸 (单个寡核苷酸和高通量和成) 都用MALDI-TOF质谱仪检测进行核苷酸QC检测的厂商,而且免费提供质谱数据。
8.如何计算引物的浓度?
答:引物保存在高浓度的状况下比较稳定。引物一般配制成10-50pmol/ul。在同样获得80M测序数据的情况下,NimbleGen有97%的目标序列达到10x以上的测序深度,而其他产品只有90%。 一般情况下,建议将引物的浓度配制成50pmol/ul,加水的体积(微升)按下列方式计算:V (微升)= OD数*(乘)33 *(乘)*(乘)20000 / (除) 引物的分子量。引物的分子量可以从合成报告单上获得。如果需要配制成其他浓度,按上述公式换算。
注意:1 OD260= 33 ug/ml.

(作者: 来源:)