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直接微生物技术是病原体污染的终测量方法，但是它们既昂贵又费时，这意味着在经过巴氏杀菌验证后，产品的保质期会缩短。由于微生物技术的不适应性，通常通过检查碱性磷酸酶的存在来监测牛奶巴氏灭菌的功效，碱性磷酸酶会被巴氏灭菌变性。破坏碱性磷酸酶可确保破坏常见的牛奶病原体。因此，碱性磷酸酶的存在是巴氏灭菌功效的理想指标。对于液态鸡蛋，热处理的有效性通过α-淀粉酶的残留活性来衡量。
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巴氏消毒的目的是牛奶中可能存在的所有有害微生物（包括一切致病菌）。在巴氏消毒法发明前，欧洲因喝生牛奶或吃乳制品而染病的人不计其数。由于当时还未发明素，因此，因病而死的人也是不计其数。但自从巴氏消毒法广泛应用以后，因喝牛奶而染此病的人已很少见。但现在世界上也有一些地方的人喜欢喝生牛奶，比如我国的内蒙。据科学家调查，在内蒙牧民肺中，有10.6%的患者有喝生牛奶的习惯。
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巴氏杀菌乳和鲜牛奶的要求不同：
巴氏鲜奶对奶源要求高，必须采用新鲜无污染的就近奶源，牛奶从挤出到生产必须在24小时内完成，全程冷藏，保质期5-7天，更新鲜、更安全、更天然、更营养。而鲜牛奶对奶源要求低，还可以用奶粉还原，采用超高温灭菌法，保质期6至8个月，俗称“罐头牛奶”。
鲜奶是指牛奶脱离牛体24小时之内的牛奶，否则不能称之为“鲜”奶。原来对于牛奶行业“鲜牛奶”有过明文规定，故各乳品企业在其产品中不能提到“鲜”字。而液态牛奶有常温奶和低温保鲜奶两种。
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