性疾病的诊断：PCR技术在性疾病中尤其适用于检测一些培养周期长或缺乏检测手段的病原体。遗传性疾病的诊断：遗传性疾病的发病基础是核酸分子结构变异与核酸的表达产物，如蛋白质或酶类分子结构的改变。PCR技术的原理恰好为检测这一类疾病提供了有效的手段。的诊断：PCR技术用于癌基因和抑癌基因缺失与点突变的检测以及相关病毒基因的检测，为临床诊断带来了简便、准确的方法，同时也为相关疾病的与预
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性疾病的诊断：PCR技术在性疾病中尤其适用于检测一些培养周期长或缺乏检测手段的病原体。遗传性疾病的诊断：遗传性疾病的发病基础是核酸分子结构变异与核酸的表达产物，如蛋白质或酶类分子结构的改变。PCR技术的原理恰好为检测这一类疾病提供了有效的手段。的诊断：PCR技术用于癌基因和抑癌基因缺失与点突变的检测以及相关病毒基因的检测，为临床诊断带来了简便、准确的方法，同时也为相关疾病的与预后提供了监控手段。移植配型：随着PCR技术的出现，分子生物学技术被引入到HLA配型领域，通过PCR扩增仪可以建立、准确的HLA基因分型方法，满足临床移植配型的需要。
所谓real-time Q-PCR技术，是指在PCR反应体系中加入荧光基因，利用荧光信号累积实时监测整个PCR进程，后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。在 real-time 技术的发展过程中，两个重要的发现起着关键的作用：（1）在90年代早期，TaqDNA多聚酶的5′核酸外切酶活性的发现，它能降解特异性荧光记探针，因此使得间接的检测PCR产物成为可能。（2）此后荧光双标记探针的运用使在一密闭的反应管中能实时地监测反应全过程。这两个发现的结合以及相应的仪器和试剂的商品化发展导致real-time Q-PCR方法在研究工作中的运用。
在PCR反应早期，产生荧光的水平不能与背景明显地区别，而后荧光的产生进入指数期、线性期和终的平台期，因此可以在PCR反应处于指数期的某一点 上来检测PCR产物的量，并且由此来推断模板初的含量。为了便于对所检测样本进行比较，在real-time Q-PCR反应的指数期，首先需设定一定荧光信号的域值，一般这个域值（threshold）是以PCR反应的前15个循环的荧光信号作为荧光本底信号 （baseline），荧光域值的缺省设置是3～15个循环的荧光信号的标准偏差的10倍。
TaqMan荧光探针：PCR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针，该探针为一寡核苷酸，两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。探针完整时，报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收；PCR扩增时，Taq酶的5'－3'外切酶活性将探针酶切降解，使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离，从而荧光监测系统可接收到荧光信号，即每扩增一条DNA链，就有一个荧光分子形成，实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步。而新型TaqMan-MGB探针使该技术既可进行基因定量分析，又可分析基因突变（SNP），有望成为基因诊断和个体化用药分析的技术平台。
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