蘑菇渣不发酵直接使用的坏处：
（1）未经发酵的菇渣施加到土壤中后，在发酵过程中会产生较多的热量，影响到作物的根系部分生长。
（2）未经发酵的菇渣中施加到土壤中后，容易引起病虫害。
（3）未经发酵的菇渣大多为有机态或者是缓效态，不能直接被作物吸收利用。
（4）菇渣在发酵过程中，会消耗较多的氧气，导致作物处于缺氧状态，进而影响作物的生长。
蘑菇渣加工
蘑菇渣不发酵直接使用的坏处：
（1）未经发酵的菇渣施加到土壤中后，在发酵过程中会产生较多的热量，影响到作物的根系部分生长。
（2）未经发酵的菇渣中施加到土壤中后，容易引起病虫害。
（3）未经发酵的菇渣大多为有机态或者是缓效态，不能直接被作物吸收利用。
（4）菇渣在发酵过程中，会消耗较多的氧气，导致作物处于缺氧状态，进而影响作物的生长。
食用菌生产后的菌渣是很好的有机肥、育苗基质和无土栽培的基质。首先，对菌渣进行发酵，其次，发酵后的菌渣可以直接与牛粪、鸡粪等有机肥按一定比例进行混合就可以做有机肥了；另外，如果作为育苗基质和无土栽培基质，就要进行脱盐分处理，PH到达7以下。
1、1～1.5吨成品有机物料(鲜料约2.5～3.5吨)加1公斤发酵剂，混拌发酵即可。但碳/氮（即C/N）较高、较难发酵的树皮、锯末、稻壳等物料，应适当增加用量，每吨物料用2公斤发酵菌剂，发酵剂很好的经过稀释。
可以用发酵剂发酵蘑菇渣用来做肥料的，操作方法如下：
1、本发酵菌剂是好（耗）氧性微生物，故应加大供氧措施，做到勤翻，拌匀为宜。否则会导致厌氧发酵，影响效果。
2、发酵物料的C/N（计算及调整办法另有说明）保持在25～30：1，pH值调节到6～8为好。
3、发酵物料的水分应控制在60～65%。判断办法：手紧抓一把物料，指缝见水印但不滴水，落地即散。过高过低均不利于发酵,水过少,发酵慢；水过多会导致通气差、升温慢并产生臭味。
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