全转录组测序
全转录组是指特定组织或细胞在特定状态下所有转录产物的总和，包括mRNA和各种noncoding RNA。LncRNA芯片Longnon-codingRNAs（lncRNAs）是一类转录本长度超过200nt的功能性非编码RNA分子。我们知道生物体本身的转录过程是一个动态变化且十分复杂的分子作用网络，如果只是对某个单一RNA分子的研究，有时并不能准确的
pcr引物设计
全转录组测序
全转录组是指特定组织或细胞在特定状态下所有转录产物的总和，包括mRNA和各种noncoding RNA。LncRNA芯片Longnon-codingRNAs（lncRNAs）是一类转录本长度超过200nt的功能性非编码RNA分子。我们知道生物体本身的转录过程是一个动态变化且十分复杂的分子作用网络，如果只是对某个单一RNA分子的研究，有时并不能准确的发现分子作用机制。而竞争性内源RNA(ceRNA)理论阐述了一种全新的转录调控模式：ceRNA（包括lncRNA、circRNA、mRNA、假基因等）分子能够通过miRNA应答元件（microRNA Respe Element, MRE）竞争性地结合相同的miRNA来调节彼此的表达水平。举个例子：miRNA会导致基因沉默现象发生，而如果lncRNA竞争性结合了miRNA，从而影响了miRNA基因沉默功能实现。
ceRNA是目前转录调控领域的热点内容之一，通过全转录组研究能够系统性的阐述ceRNA的分子作用机制。目前对全转录组简便的方法就是构建2个测序文库分别进行测序。1QPCRbuffer5μldNTPmix(2mM)4μl引物1(10pM)μl2引物2(10pM)2μlTaq酶(2U/ul)1μlDNA模板(50ng-1μg/μl)1μl加ddH2O至μl50视PCR仪有无热盖,不加或添加石蜡油。标准的生物信息学分析能够得到mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA各自的研究内容，靶向调控网络、ceRNA网络、共表达网络分析可以将这几种RNA联合起来分析，从而发现新的调控网络模型。去除rRNA的链特异性文库，含有的RNA信息含量十分丰富，通过测序和生物信息学分析能够得到mRNA、lncRNA、circRNA的鉴定及注释信息。不过该文库构建时会进行片段化选择从而滤掉了small RNA的信息，所以需要另外再构建一个small RNA文库，进行测序分析后可以得到miRNA和其他small RNA的鉴定及注释信息。全转录组测序方案路线图如下所示：
凝胶阻滞迁移电泳检测服务（EMSA）
凝胶迁移或电泳迁移率实验（electrophoretic mobility shift assay，EMSA）是一种研究DNA/RNA结合蛋白和其相关的DNA/RNA结合序列相互作用的技术，可用于定性和定量分析。实验流程：细胞固定-细胞膜破膜-蛋白封闭-目的蛋白结合-荧光二抗结合-DAPI染色-荧光显微镜拍照或激光共聚焦显微镜拍照。依据实验需要，设计标记探针、非标记探针、蛋白特异性抗ti等参照物，基于DNA-蛋白质或RNA-蛋白质复合体在聚bing烯酰胺凝胶电泳（PAGE）中有不同迁移率的原理，当转录因子与特异的DNA或RNA结合后，其在PAGE中的迁移率将小于未结合核蛋白转录因子的DNA，从而检测到活化的与DNA或RNA结合的蛋白转录或调节因子。
染色质免l疫共沉淀技术(ChIP)
基于体内分析而发展的染色质免l疫沉淀分析Chr omat in immunoprecipitat ionassay kit, ChIP)技术可以真实、完整地反映结合在DNA序列上的调控蛋白。microRNA通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体（RISC）降解mRNA或抑制mRNA的翻译，从而在转录后水平调控蛋白表达（新发现miRNA也能在转录水平调控基因表达）。由于ChIP采用甲醛固定活l细胞或者组织的方法，因此能比较真实的反映细胞内TF与Promoter的结合情况，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。近年来,这种技术得到不断的发展和完善。采用结合微阵列技术在染色体基因表达调控区域检查染色体活性,是深入分析癌l症、心血l管病以及神经系统紊乱等疾病主要通路的一-种非常有效的工具。
染色质免l疫沉淀分析(ChIP) 的基本原理是在活l细胞状态下，当用甲醛处理时，相互靠近的蛋白与蛋白、蛋白与核酸(DNA或RNA)之间会产生共价键。借助的技术优势，英瀚斯生物特配备了高l效的仪器设备，如SLAN48P荧光定量PCR检测系统、PCR仪、电泳仪、冷冻离心机、高速离心机等。细胞内，当F与Promoter相互结合时，它们必然靠的比较近或者契合在一起，这个时候用甲醛处理，能使它们之间产生共价键。固定的蛋白质DNA复合物通过超声或酶处理将其随机切断为-定长度范围内的染色质小片段然后通过抗原抗l体的特异性识别反应沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNAl片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。通过qPCR或二代测序，筛选与目的蛋白互作的未知DNA信息。
7.如何检测引物的纯度？
答：实验室方便的作法是用PAGE方法。使用加有7M尿素的16%的聚酰胺凝胶进行电泳。如测序序列已知，可通过序列比较以星号标出差异碱基处，提高工作效率。取0.2-0.5OD的引物，用尿素饱和液溶解或引物溶液中加入尿素干粉直到饱和，上样前加热变性(95℃,2mins)。加入尿素的目的一是变性，二是增加样品比重，容易加样。600V电压进行电泳，一定时间后(约2-3小时)，剥胶，用荧光TLC板在紫外灯下检测带型，在主带之下没有杂带，说明纯度是好的。如果条件许可，也可以用EB 染色或银染方式染色。
而有的厂家提供Maldi-TOF质谱QC质量控制，从而保障了合成的准确率：
