PCR技术的原理类似于DNA的天然过程，其特异性依赖于靶序列两端互补的寡核苷酸引物，由变性-退火-延伸三个基本反应步骤构成 [2] 。1. 模板DNA的变性模板DNA经加热至93℃左右一定时间后，使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离，使之成为单链，以便它与引物结合，为下轮反应作准备。2. 模板DNA与引物的退火(复性)模板DNA经加热变性成单链后，温度降至55℃左右
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PCR技术的原理类似于DNA的天然过程，其特异性依赖于靶序列两端互补的寡核苷酸引物，由变性-退火-延伸三个基本反应步骤构成 [2] 。1. 模板DNA的变性模板DNA经加热至93℃左右一定时间后，使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离，使之成为单链，以便它与引物结合，为下轮反应作准备。2. 模板DNA与引物的退火(复性)模板DNA经加热变性成单链后，温度降至55℃左右，引物与模板DNA单链互补序列配对结合。3. 引物的延伸DNA模板-引物结合物在TaqDNA聚合酶的作用下，以dNTP为反应原料，靶序列为模板，按碱基配对与半保留原理，合成一条新的与模板DNA链互补的半保留链。
水浴式PCR仪仪器本身有3个不同温度的水浴，用机械装置将带有反应管的架子移位和升降温度，使温度循环。优点：水为传热介质，温度易恒定，热容量大；反应管形状无特殊要求，温度转换较快扩增效果稳定；具有较高的运行效率，扩增产物特异性好。缺点：高温浴不稳定，水面需用液体石蜡覆盖；改变水浴温度所需时间较长，不易实施复杂程序（如套式PCR）的操作，仪器体积较大；室温影响温度下限。
PCR反应过程中产生的DNA拷贝数是呈指数方式增加的，随着反应循环数的增加，终PCR反应不再以指数方式生成模板，从而进入平台期。在传统的PCR 中，常用凝胶电泳分离并用荧光染色来检测PCR反应的终扩增产物，因此用此终点法对PCR产物定量存在不可靠之处。在real-time Q-PCR中，对整个PCR反应扩增过程进行了实时的监测和连续地分析扩增相关的荧光信号，随着反应时间的进行，监测到的荧光信号的变化可以绘制成一条曲 线。
选购PCR仪时首先要关注其适用的样本管型号和仪器容量，千万不要买错。搜科采购管家了解到，PCR仪反应多在0.2ml或者0.5ml的样本管中进行，常见的是0.2ml。样本容量有多种，比如0.2ml的有96孔和48孔，0.5ml的有60孔和30孔，384孔等。
一些PCR仪配备了不同型号的样本基座，以满足多种需要。有些PCR仪还带有两种样本槽，无需更换基座就可以适配不同的样本管，相当灵活。
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