性疾病的诊断：PCR技术在性疾病中尤其适用于检测一些培养周期长或缺乏检测手段的病原体。遗传性疾病的诊断：遗传性疾病的发病基础是核酸分子结构变异与核酸的表达产物，如蛋白质或酶类分子结构的改变。PCR技术的原理恰好为检测这一类疾病提供了有效的手段。的诊断：PCR技术用于癌基因和抑癌基因缺失与点突变的检测以及相关病毒基因的检测，为临床诊断带来了简便、准确的方法，同时也为相关疾病的与预
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性疾病的诊断：PCR技术在性疾病中尤其适用于检测一些培养周期长或缺乏检测手段的病原体。遗传性疾病的诊断：遗传性疾病的发病基础是核酸分子结构变异与核酸的表达产物，如蛋白质或酶类分子结构的改变。PCR技术的原理恰好为检测这一类疾病提供了有效的手段。的诊断：PCR技术用于癌基因和抑癌基因缺失与点突变的检测以及相关病毒基因的检测，为临床诊断带来了简便、准确的方法，同时也为相关疾病的与预后提供了监控手段。移植配型：随着PCR技术的出现，分子生物学技术被引入到HLA配型领域，通过PCR扩增仪可以建立、准确的HLA基因分型方法，满足临床移植配型的需要。
由于传统定量方法都是终点检测，即PCR到达平台期后进行检测，而PCR经过对数期扩增到达平台期时，检测重现性极差。同一个模板在96孔PCR仪上做96次重复实验，所得结果有很大差异，因此无法直接从终点产物量推算出起始模板量。加入内标后，可部分消除终产物定量所造成的不准确性。但即使如此，传统的定量方法也都只能算作半定量、粗略定量的方法。
当PCR循环阶段完成后，PCR扩增仪通常被设置为将样品“保持”在4℃，直到用户将其从仪器中取出。
将样品块冷却到这个温度，特别是长时间的冷却，会给样品块带来不必要的压力，并有可能使其寿命缩短10倍之多。为了避免这种情况，可以在程序结束后立即取出样品，或者将仪器设定为在室温下保持样品。
这对PCR产物的影响应该是小的，因为DNA在室温下是相对稳定的。此外，在低温下保持样品块，可能会导致冷凝水的积累。这不仅可能导致块状物本身的腐蚀，还可能损坏仪器内部的电气元件。
因此，当仪器不使用时，将PCR扩增仪的盖子打开，让任何积聚的冷凝水蒸发，是一个好的做法。
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