重复循环变性-退火-延伸三过程，就可获得更多的“半保留链”，而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一轮循环需2~4分钟，如此反复进行，每一轮循环所产生的DNA均能成为下一轮循环的模板，每一轮循环都使两条人工合成的引物间的DNA特异区拷贝数扩增1倍，PCR产物以2的指数形式迅速扩增，经过25~30轮循环后(2~3小时)，理论上可使基因扩增109倍以上，实际上一般可达106~107
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重复循环变性-退火-延伸三过程，就可获得更多的“半保留链”，而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一轮循环需2~4分钟，如此反复进行，每一轮循环所产生的DNA均能成为下一轮循环的模板，每一轮循环都使两条人工合成的引物间的DNA特异区拷贝数扩增1倍，PCR产物以2的指数形式迅速扩增，经过25~30轮循环后(2~3小时)，理论上可使基因扩增109倍以上，实际上一般可达106~107倍。
1. 模板核酸模板(靶基因或样品DNA)核酸的量与纯化程度是PCR成败与否的关键环节之一。一般临床检测标本，可采用简便的方法溶解细胞，裂解病原体，消化除去染色体的蛋白质使靶基因游离，直接用于PCR扩增。DNA模板提取一般采用异硫酸胍或蛋白酶K法，要防止核糖核酸酶(ribonuclease，RNase)降解RNA。2. 引物PCR产物的特异性取决于引物与模板DNA互补的程度。理论上，只要知道任何一段模板DNA序列，就能按其设计互补的寡核苷酸链作引物。每条引物链的浓度为0.1~1μmol或10-100pmol，以反应所需要的低引物量的浓度为好。3. DNA聚合酶TaqDNA聚合酶基因全长2496个碱基，75~80℃时每个酶分子每秒钟可延伸约150个核苷酸，在PCR循环的高温条件下仍能保持较高的活性和良好的热稳定性，温度过高(90℃以上)或过低(22℃)都可影响TaqDNA聚合酶的活性。目前，有两种TaqDNA聚合酶供应，一种是从栖热水生中提纯的天然酶，另一种为大肠菌合成的基因工程酶
实时荧光定量PCR仪+实时荧光定量试剂+通用电脑+自动分析软件，构成PCR-DNA/RNA实时荧光定量检测系统。样品到达域值水平所经历的循环数称为Ct值（限制点的循环数）。域值应设定在使指数期的扩增效率为，这样可以获得准确，可重复性的数据。如果同时扩增的还有标有相应浓度的标准品，线性回归分析将产生一条标准曲线，可以用来计算未知样品的浓度。
热盖功能
热盖功能已成为PCR仪的必备功能。热盖温度设为105℃，使样本管顶部的温度达到105℃左右，蒸发的反应液就不会产生凝集在管盖上而改变反应体，大大提高实验效率和准确性。
热盖分为可调式热盖和不可调式热盖。可调式热盖中的力矩式可调热盖，能够解决压紧热盖时用力过大及过小的问题。如果是旋转加压的热盖就要特别小心，因为压力到达时没有明显的提示，用户需要根据经验将热盖旋到合适位置，不太容易掌握。
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