秸秆木炭机在生产过程中需要注意的就是安全问题，由于木炭机使用的是三相380伏的高压电源，且为了便于电动机的散热机壳采用的是金属材料，一些操作人员在木炭机生产时去触碰电机，容易产生漏电或者触电事故，对于此种易被忽略的问题除了在关键位置张贴醒目的危险标识外，还应在电路上安装漏电保护装置，以杜绝漏电事故造成的安全威胁；其次秸秆木炭机生产过程中易被忽略的问题即原材料的检查，一些农作物秸秆还处于潮湿状态，若不进行自然风干，即使进入秸秆木炭机的炭化炉后也有一部分的秸秆不能被完全炭化，导致生产处的机制炭在使用时出现大量冒烟现象，影响使用。因此在生产定要详细检查原料的干湿度，达到要求的才能进行生产。
新购买的秸秆木炭机很多操作人员由于刚接触操作起来都会十分小心，因为不知道怎么操作，秸秆木炭机容易损坏的不仅就是制棒机的螺旋推进器，它是行公认的易损部件，因为推进器在整个秸秆木炭机的生产过程中磨损，而不同厂家生产的秸秆木炭机的推进器规格也不同，因此在操作时需要注意经常维护推进器，避免其收到严重损坏。
在操作秸秆木炭机之前，厂家的技术人员都会详细讲解操作前的准备工作，包括电源的安全保障情况，秸秆木炭机使用的动力源是一台380伏特的电动机，所需要的电流量极大，在生产时要保证电路有充分的保护措施，防止在发生事故时对人身造成伤害。同时非厂家技术人员不能随意拆卸秸秆木炭机。
秸秆木炭机操作需要注意的第三个方面就是原料，秸秆原料首先要干湿度适宜，过湿会堵塞秸秆木炭机，甚至造成生产的机制炭不合格。因此，在秸秆木炭机的操作过程中，原料也是十分重要的一个环节。
