适当增加石笼网箱深度，可以在不必过多地消耗网衣材料的情况下增加鱼群的收容体积。但深度过大容易造成石笼网箱底部缺氧，同时随着深度的增加水温则下降，并且由于入射光线的减弱，浮游生物的分布由表向下递减，因此，必须根据水流、水深、放养密度和养殖产量等情况设计合理的石笼网箱深度。
溶氧的一般分布规律是，在静水中的0一1米处为，在1—2米处就下降到50一70%的饱和水平，水下3米处则进一步下降到20一30%的饱和度。其中以2—3米处镕氧的下降快，为氧跃层。据吉林省水产研究所在水库中1次实测氧气的结果是，表层氧为9.15一8.54毫克／升，1米深处为9．25—7．90毫克／升，2米深处为6．78—5．3毫克／升．3米深处为2．88一1．66毫克／升，后者已处在一般鱼类正常生长密氧水平的下限。静水水体中的温度随水深增加而变化幅度很大，但在水下1—5米内一般变化不大，通常为2—3℃，这对鱼类生长的影响不及溶氧下降显得重要。但由于水流、风浪和颧流等因震的影响，流水环境中的镕氧、温度和浮游生物随水层分布的变化并未达到上述标准。同时石笼网箱内鱼群的游动也温和了溶氧和水温的分层。因此，湖泊石笼网箱的深度一股为2—3米，而水库石笼网箱的深度可增加到3—4米
