农村生产生物有机肥一般利用农业废弃物经微生物发酵，制得含多种微生物的有机肥。农业废弃物主要是畜禽粪便和秸秆。在水资源丰富的地方，养殖场常使用水冲的方法清理畜禽粪便。有自来水的接上自来水冲洗粪便，没有自来水的在池塘边装上水泵冲洗粪便。冲洗岀来的水大量流入河塘污染环境。有的将粪便收集起来存放在土池中任其沤制，臭气冲天，聚集运至有机肥料厂做原料。使用水冲粪做原料一定亏本。
与农家肥相比，生物有机肥的根本优势在于： 生物有机肥中的功能菌对提高土壤肥力、促进作物生长具有特定功效，而农家肥属自然发酵生成，不具备优势功能菌的特别的效。 与生物菌肥相比，生物有机肥包含功能菌和有机质，有机质除了能改良土壤，其本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后功能菌容易定殖并发挥作用； 而生物菌肥只含有功能菌， 且其中的功能菌可能不适合有的土壤环境，无法存活或发挥作用。另一方面，生物有机肥比生物菌肥价格更为便宜。
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