有机肥能促进土壤微生物生长，促进作物吸收利用 有机肥料含有大量的有机质，是各种微生物生长和繁衍的很好场所。有机肥的有机物在腐熟过程中还能产生各种酚、维生素、酶、生长素及类机素等物质，促进作物根系生长和对养分的吸收。 加速土壤团聚体的形成，改善土壤理化性质 有机—无机团聚体是土壤肥沃的重要指标，它含量越多，土壤物理性质越好，土壤越肥沃，保土、保水、保肥能力越强，通气性能越好，越有利于作物根系生长。
含氮有机物的分解 堆肥中的含氮有机物包括蛋白质、氨基酸、生物减、腐殖质等。除腐殖质外，大部分容易被分解。例如蛋白质，在微生物分泌的蛋白酶作用下，逐级降解，产生各种氨基酸，再经氨化作用、硝化作用而分别形成铵盐、消酸盐，可以被植物吸收利用。含磷有机物的转化 堆肥中的含磷有机化合物，在多种腐生性微生物的作用下，形成磷酸，成为植物能够吸收利用的养分。
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