微生物菌肥不宜与杀菌剂、杀虫剂、除草的剂同时使用，也不要在使用生物菌肥后再实行土壤消毒。生物菌肥适宜的土壤湿度为60%左右，所以要注意不要在过分干旱时使用。生物菌肥对于阳光中的紫外线敏感，不宜采用地表撒施，可以在阴天或清晨、傍晚于土壤中施用。生物菌肥施入土壤后，有一个菌群繁殖壮大的过程，因此，在果树根系开始生长前使用。
与单施化肥相比， 生物有机肥的施用可显著增加大白菜和西瓜的直径、单株（果）质量；还可改善番茄、辣椒的，使番茄和辣椒中维生素C 及还原糖的含量增加。通过研究不同施肥方式对生菜的影响， 发现施用阿姆斯生物有机肥可使生菜维生素C 含量增加，总酸降低，糖酸比显著增加，同时可显著降低易诱发癌的消酸盐含量，在改善生菜口感、提高产品安全性方面具有重要作用。
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