氯离子含量 有些厂家使用氯化铵这一类含氯化肥加入到有机肥中，以提高总养分中的氮，这也是导致氯离子含量变高，影响农作物的生长。 含盐量 一般来说，生活污泥、厨余垃圾等原料的盐分较高，不耐盐的作物会出现黄叶、掉叶、萎蔫、死去等现象。 离子交换量 没有腐熟的有机肥甚至是晒干就卖的粪便，其阳离子交换量极低，起不到应有的缓冲效果，相反，还会危害土壤本身的缓冲效果，造成作物生长障碍。
减少养分固定，提高肥效 化肥施入土壤后，有些养分被土壤吸收或固定，降低了养分的有效性。而与有机肥混施后，可以减少化肥与土壤的接触面，减少化肥被土壤固定的几率，提高养分的有效性。 保蓄养分，减少流失，改善作物对养分的吸收 化肥溶解度大，施用后对土壤造成较高的渗透压，影响作物对养分和水分的吸收，增加养分流失的机会。如与有机肥搭配混用，能克服这个弊端，促进作物对养分和水分的吸收。
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