生物有机肥在改善农产品方面发挥着的作用，但目前生产和销售还存在一定困难，这是因为对的农产品并没有完全做到优价，在一定程度上影响了种植户的积极性，使得生物有机肥的推广遇到了较大困难。 近年来，生物有机肥在一些生态区、绿色和有机农产品基地得到了较为广泛的应用，这是生物有机肥今后发展的主要方向。随着绿色有机农产品生产规模的扩大和人们消费水平的提高，生物有机肥的生产应用必是主流。
生物有机肥的生产主要包括发酵菌促进物料腐熟过程、添加功能菌二次发酵过程和成品加工过程。通过发酵使物料完全腐熟是整个生产的关键环节，在发酵腐熟阶段，多数企业采用槽式堆置发酵法。水分、C/N 比、温度、pH、通风情况等过程参数直接影响物料腐熟的程度和发酵周期。待物料完全腐熟后，添加固氮菌、溶磷菌、解钾菌等复合功能菌群进行二次发酵， 通过控制发酵条件提高产品中的有益活菌数， 从而达到增强生物有机肥肥效的目的。发酵结束后，为了提高产品的商品性和保证产品中有益微生物的存活率， 成品加工多以圆盘造粒后低温烘干工艺为佳。
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