一是由于工程成本的制约，一些中、小洁净工程设计和施工单位不按施工，造成设计的洁净室不符合洁净厂房设计规范，无法满足企业生产的需要。二是将洁净室性能检测和测评工作混为一谈，有些企业认为完成竣工检测就可以投入生产，而忽视了洁净室的综合测评工作，这两者实施主体不同、检测内容不同，不可省略任何一个环节。三是洁净室本身的问题，洁净室打扫不、不规范、洁净室通风设备不合理、洁净室
酒精净化室
一是由于工程成本的制约，一些中、小洁净工程设计和施工单位不按施工，造成设计的洁净室不符合洁净厂房设计规范，无法满足企业生产的需要。二是将洁净室性能检测和测评工作混为一谈，有些企业认为完成竣工检测就可以投入生产，而忽视了洁净室的综合测评工作，这两者实施主体不同、检测内容不同，不可省略任何一个环节。三是洁净室本身的问题，洁净室打扫不、不规范、洁净室通风设备不合理、洁净室布局不科学等。
气流组织形式：洁净室设计中气流组织形式是由洁净度级别决定的，可以采用上送下侧回、水平单向流、垂直单向流等气流组织形式。
其他参数：设计中采用的采暖设备、通风设备等必须以人为本，保证适宜的温湿度，满足舒适度的要求。设计中还要注意设备的噪音控制、照明设备、风速控制等方面的要求。
生物净化车间设计的要点，
生物净化车间按照生产和科研可以分为生物净化车间和生物学安全净化车间两种。
无尘净化照度控制，主要取决于净化灯的多少和密度，（一盏灯可照明8-10个平方），及灯的布置。无尘净化防静电控制，一般电子厂需要对防静电进行控制，取决于地坪、设备绝缘度、摩擦、使用的工具、防静电服饰等。应该规定的要求如下：进行更衣程序的人数，既有绝1对人数，又有各次的人数;一更衣程序(即需衣脱和穿的服装，这些服装是重复使用的还是一次性的，保证洁净度和避免交叉污染的规程;二洁净服更换频率。
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