内镜清洗的方式是先手工清洗再机械清洗。手工清洗后，应当按照内镜生产商提供的使用说明书，软式内镜应该机械清洗并暴露于高水平消毒剂或液体化学灭菌剂中进行机械处理，或机械清洗和灭菌。机械处理包括机械清洗、机械高水平消毒或灭菌和机械漂洗。定期监测水质关注灭菌蒸器用水及终末冲洗纯化水的质量，定期监测压力蒸汽灭菌器的用水质量。大量证据表明，机械处理可提高清洗效率
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内镜清洗的方式是先手工清洗再机械清洗。手工清洗后，应当按照内镜生产商提供的使用说明书，软式内镜应该机械清洗并暴露于高水平消毒剂或液体化学灭菌剂中进行机械处理，或机械清洗和灭菌。机械处理包括机械清洗、机械高水平消毒或灭菌和机械漂洗。定期监测水质关注灭菌蒸器用水及终末冲洗纯化水的质量，定期监测压力蒸汽灭菌器的用水质量。大量证据表明，机械处理可提高清洗效率，提高工作效率，减少人员清洗职业暴露，并且可以更成功地监控质量和一致性，但目前手工清洗仍是必需的。
手术器械生锈是长期以来困扰医院供应室的普遍性问题，手术器械绝大部分由金属材料做成，以钢铁材料居多，且多为不锈钢，为保持其高硬度及锋利度，多采用仅含13％Cr的不锈钢作为材料，但却相对容易生锈。
金属器械对灭菌因子的适应性比较广，它们耐高温、耐高压、耐辐射，但多数不耐腐蚀。器械生锈不仅会给医院造成经济损失，而且粘有锈迹的器械表面容易形成生物膜。造成灭菌失败，引起医源性，延长患者的住院时间，增加患者的痛苦，造成资源的浪费。因此。内镜洗消操作过程中产生的化学消毒剂、病原体气溶胶污染清洗消毒室内空气，会对工作人员造成职业伤害。在整个清洗、消毒及灭菌过程中要注意器械的物理性能，采用科学的清洗消毒流程，减少器械损耗。
放入内镜运送车备用。不再使用的内镜放入柜储存，每次使用前进行再次消毒。
目前，内镜中心使用的消毒液均属国内前沿领域内镜清洗消毒产品，对乙毒、丙毒、、毒等可以做到完全杀灭。按照《软式内镜清洗消毒技术规范》严格执行，将所有使用后的内镜全部视为内镜，做到标准预防，这些都是患者安全内镜诊疗的有力保障，也是防止因内镜检查造成的重中之重。污染器械上血液和体液等有机物变干会增加清洗的难度，易使常规的清洗方法变得无效。
手术器械的消毒灭菌要求
1.凡进入人体组织或无菌的手术器具及物品全部采用高压灭菌或经切口进入无菌室的内镜及其附件，如腹腔镜，关节镜，脑室镜，膀胱镜，宫腔镜等用前应达到灭菌水平。
2.接触未破损皮肤的一般诊疗用品如，可在清洁的基础上用乙醇擦拭消毒，袖带若被血液，体液污染应在清洁的基础上用含500mg/L有效氯消毒浸泡30分钟后再清洗干净。
3.接触未破损粘膜的器具如扩阴器、开口器、舌钳、压舌板、体温表等，用后先清洁去污、消毒、擦干，耐高温的器具如扩阴器，开口器，压舌板采用高温灭菌，体温表在清洁的基础上用含氯消毒剂浸泡消毒30分钟后，清水冲净擦干备用。
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