化学污染包括有机物污染和无机物污染。有机物污染主要是有机试剂污染和有机样品污染。在大多数情况下，实验室中的有机试剂并不直接参与发生反应，仅仅起溶剂作用，因此消耗的有机试剂以各种形式排放到周边的环境中，排放总量大致就相当于试剂的消耗量。日复一日，年复一年，排放量十分可观。有机样品污染包括一些的有机样品，如、苯并(α)芘、、亚等。无机物污染有强酸、强碱的污染，重金属污染，污染等。其中、、
玻璃仪器
化学污染包括有机物污染和无机物污染。有机物污染主要是有机试剂污染和有机样品污染。在大多数情况下，实验室中的有机试剂并不直接参与发生反应，仅仅起溶剂作用，因此消耗的有机试剂以各种形式排放到周边的环境中，排放总量大致就相当于试剂的消耗量。日复一日，年复一年，排放量十分可观。有机样品污染包括一些的有机样品，如、苯并(α)芘、、亚等。无机物污染有强酸、强碱的污染，重金属污染，污染等。其中、、铅、镉、铬等重金属的毒性不仅强，且有在人体中有蓄积性。
对结果有效性不利影响的因素可能包括但不限于：微生物污染、灰尘、电磁干扰、辐射、湿度、供电、温度、声音和震动。举个例子：一般使用的玻璃量器如移液管、容量瓶使用温度都是在20℃，温度过低或过高都会影响配制试剂浓度的度。实验室的温度必须控制在（20±5）℃范围内才能确保检测数据的误差在可控范围内。除此之外实验室还应保持良好的内务管理，减少环境对检测结果的影响。
质量管理体系是把实验室的质量方针目标、组织架构、设施环境、仪器设备、试剂耗材、人员的权利职责、作业程序、管理程序、、信息系统、文件控制、结果报告、咨询服务、投诉处理、纠正改进等要素协调起来的统一整体。质量体系是否完善直接关系到患者及送检医师对分子病理实验室各项检测结果报告的可信度和满意度。因此必须将包括管理文件、程序文件和作业指导书（SOP）在内的质量体系文件，传达至所有相关人员，保证相关人员充分理解并执行此文件。更为重要的是，要对日常检测工作流程进行全程质量控制，保证检测结果的准确客观。
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