一是由于工程成本的制约，一些中、小洁净工程设计和施工单位不按施工，造成设计的洁净室不符合洁净厂房设计规范，无法满足企业生产的需要。二是将洁净室性能检测和测评工作混为一谈，有些企业认为完成竣工检测就可以投入生产，而忽视了洁净室的综合测评工作，这两者实施主体不同、检测内容不同，不可省略任何一个环节。三是洁净室本身的问题，洁净室打扫不、不规范、洁净室通风设备不合理、洁净室
食品净化工程
一是由于工程成本的制约，一些中、小洁净工程设计和施工单位不按施工，造成设计的洁净室不符合洁净厂房设计规范，无法满足企业生产的需要。二是将洁净室性能检测和测评工作混为一谈，有些企业认为完成竣工检测就可以投入生产，而忽视了洁净室的综合测评工作，这两者实施主体不同、检测内容不同，不可省略任何一个环节。三是洁净室本身的问题，洁净室打扫不、不规范、洁净室通风设备不合理、洁净室布局不科学等。
气流组织形式：洁净室设计中气流组织形式是由洁净度级别决定的，可以采用上送下侧回、水平单向流、垂直单向流等气流组织形式。
其他参数：设计中采用的采暖设备、通风设备等必须以人为本，保证适宜的温湿度，满足舒适度的要求。设计中还要注意设备的噪音控制、照明设备、风速控制等方面的要求。
生物净化车间设计的要点，
生物净化车间按照生产和科研可以分为生物净化车间和生物学安全净化车间两种。
作人员本身带来的污染工作人员本身也是洁净车间的一大污染源，工作人员双手不洁净，指甲太脏、太长，工作鞋太脏，工作人员头发、皮屑脱落，说话、咳嗽、打喷嚏，皮肤伤口发炎等这些都会严重导致车间内的洁净度下降。
无尘车间的岗位作业指导书必须实行定位、定检、定人的管理原则，操作人员不得复印作业指导书或者带回家去学习，专人必须定时定期的去点检作业指导书。无尘车间内所有工艺，机台参数任何生产操作人员不得擅自修改。
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